八种海洋经济动物肠道细菌群落的种群分子多样性分析[大全5篇]

第一篇：八种海洋经济动物肠道细菌群落的种群分子多样性分析

八种海洋经济动物肠道细菌群落的种群分子多样性分析----------中科院海洋学院

本文以甲壳纲的中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)、凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)、鹰爪虾(Trachypenaeus curvirostris)、口虾蛄(Oratosquilla oratoria)和辐鳍鱼纲的美国红鱼(Sciaenops ocellatus)、大泷六线鱼(Hexagrammos otakii)、鲈鱼(Lateolabrax japonicus)、石鲽(Kareius bicoloratus)、大菱鲆(Scophthatmus maximus)为研究对象,运用分子生物学方法对以上物种肠道细菌群落多样性进行了研究,并用细菌16S rDNA基因序列构建了分子系统发生树。本研究旨在利用细菌16S rDNA基因分析以上海洋生物肠道细菌群落种群多样性,为了解海洋生物肠道细菌构成做铺垫。主要内容分为以下三个部分:1.直接提取中国明对虾、凡纳滨对虾、鹰爪虾、口虾蛄肠道微生物总DNA,并以其为模板扩增细菌16S rDNA,与T载体连接后建库。用限制性内切酶BsuRⅠ和Hin6Ⅰ对阳性克隆的PCR产物进行酶切分析,选取有代表性的克隆进行序列测定。序列及BLAST结果显示,中国明对虾、凡纳滨对虾、鹰爪虾肠道细菌70%以上属于γ-变形杆菌,其中以弧菌属占最大比重;口虾蛄肠道细菌种类比较少,且多为未培养的细菌。凡纳滨对虾肠道细菌种类最多,有弧菌属、气单胞菌属、发光杆菌属、假交替单胞菌属等。2.通过分子生物学方法(RFLP)分析美国红鱼、鲈鱼、大泷六线鱼和石鲽肠道细菌多样性。测序结果显示四种鱼肠道细菌70%以上属于γ-变形杆菌,多样性指数分析结果表明鲈鱼肠道细菌多样性最为丰富。美国红鱼肠道细菌主要为弧菌属、发光杆菌属和螺原体属;鲈鱼肠道细菌主要为弧菌属和发光杆菌属;大泷六线鱼肠道细菌主要为弧菌属和Aliivibrio;石鲽肠道细菌主要为气单胞菌属和支原体属。3.通过分子生物学方法分析大菱鲆肠道细菌多样性,从构建的16S rDNA文库中随机选取136个阳性克隆进行酶切(BsuRⅠ、Hin6Ⅰ和RsaⅠ)分析,一共得到46种酶切类型,其中仅有一个克隆的酶切类型有36种,表明大菱鲆肠道细菌多样性比较丰富。运用原位裂解法提取获得高质量的大菱鲆肠道微生物基因组DNA,用于宏基因组序列测。