DP优化 学习小结

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简介:写写帮文库小编为你整理了多篇相关的《DP优化 学习小结》,但愿对你工作学习有帮助,当然你在写写帮文库还可以找到更多《DP优化 学习小结》。

第一篇:DP优化 学习小结

DP优化 学习小结

2010-08-27 15:55

这两天简单学习了一些动态规划的优化技巧,感觉自己的数学实在太弱了,虽然大概知道怎么用,但很多证明自己理解的还不是很透。

关于用单调队列优化的动态规划以前整理过一些,可以看这里:【单调队列 学习小结】

四边形不等式优化

主要是对于dp(i,j)的决策点 s(i,j),通过单调性证明 s(i,jpo[p2].y)/(po[p1].xsum[arr[head]]);po[i].x = a * sum[i];

po[i].y = dp[i] + a * sum[i] * sum[i]po[p2].y)/(po[p1].xf[p2]f[p2]f[arr[head]]f[arr[head]]sum[p2]p2);

}

inlinelonglong SS(int p1, int p2){

return num[p1 +1]sum[p1] + p1 * num[p1 +1]sum[p2] + p2 * num[p2 +1]);

}

inlinebool rate(int p1, int p2, int p3){

if(GG(p1, p2)* SS(p2, p3)>= GG(p2, p3)* SS(p1, p2))returnfalse;elsereturntrue;

}

int main(int argc, char** argv){

while(scanf(“%d%d”, &n, &m)!= EOF){

for(int i =1;i <= n;i++)num[i] = next_int();

sort(num +1, num + n +1);

sum[0] =0;

for(int i =1;i <= n;i++)sum[i] = sum[i-1] + num[i];dp[0] =0;

int head =0, rear =0;

arr[++rear] =0;

for(int i = m;i <= n;i++){

for(int k = head +1;k <= rear;k++){

if(cal(i, arr[k])<= cal(i, arr[head]))head +=1;elsebreak;

}

dp[i] = cal(i, arr[head]);

if(im +1;

while(head +2<= rear){

if(rate(arr[rear-2], arr[rear-1], arr[rear])==false){arr[rear-1] = arr[rear];

rear-=1;

} elsebreak;

}

}

cout << dp[n] << endl;

}

return(EXIT_SUCCESS);

}

第二篇:《IT职业行为优化》学习小结

《IT职业行为优化》学习小结

世界在不断地向前发展,日积月累,一直到现在,在这日新月异的社会里,IT行业也在以惊人的速度在发展,并引领着时代的潮流。

这学期的IT课程的时间虽然不长,但是老师又给我们输入了许多新的元素,我们的思想意识也慢慢的成熟了许多,老师的讲解让我们懂得如何才能才能成为一名合格的IT人员。《IT职业行为优化》这门 课它让我学到了很多以前没学过的东西,让我了解到很多前人在职业生涯的亲身经历,觉得受益匪浅。它让我在以后的职业生涯中增加了自信的筹码,在以后的职业中多了一份职业技巧。下面是我通过学习体会出的感想:

一、我们应该有团结合作的精神

通过实验“同舟共济”,让我明白了团结是职场必不可少的职业素养。为了培养团队精神,我们应该在课后积极的参加各种社会团体的工作。与他人分工合作、分享成果、互助互惠的过程中,我们可以体会团队精神的重要性。

有首歌唱的好“团结就是力量”。团队合作往往能激发出团体不可思议的潜力,集体协作干出的成果往往能超过成员个人业绩的总和。正所谓“同心山成玉,协力土变金。”一个团体,如果组织涣散,人心浮动,人人自行其是,甚至搞“窝里斗”,何来生机与活力?又何谈干事创业?在一个缺乏凝聚力的环境里,个人再有雄心壮志,再有聪明才智,也不可能得到充分发挥!只有严密有序的集体组织和高效的团队协作,懂得团结协作克服重重困难,甚至创造奇迹。当今社会,随着知识经济时代的到来,各种知识、技术不断推陈出新,竞争日趋紧张激烈,社会需求越来越多样 化,使人们在工作学习中所面临的情况和环境极其复杂。在很多情况下,单靠个人能力已很难完全处理各种错综复杂的问题并采取切实高效的行动。所有这些都需要 人们组成团体,并要求组织成员之间进一步相互依赖、相互关联、共同合作,建立合作团队来解决错综复杂的问题,并进行必要的行动协调,开发团队应变能力和持 续的创新能力,依靠团队合作的力量创造奇迹。

二、要懂得表达技巧和理解含义

通过撕纸实验,我了解了表达与理解的重要性。一句话可以产生很多种不同的效果,只有把话表达清楚,才能够让别人理解。

语言表达能力是现代大学生必备的基本素质之一。在和别人说话的过程中用词必须准确,不能产生歧义。我们可以多听、多读、多说、多写的方法逐渐的纠正我们的错误。

由于经济的迅速发展,人们之间的交往密切,语言表达能力必须加强,这是作为现代大学生的必备之物。我们不仅要有新的思想和见解,还要在别人面前充分的表达出来。

三、要敢于面对挫折

任何一个活着的人,都会有或大或小的困难,但不同的人对困难的理解程度不同,有人认为遇到困难,解决困难才有进步。社会也才能得到发展,而一些消极悲观的人把困难当成挫折,遇到挫折采取逃避、放弃。我们想成功的人,应该正确对待挫折。人生没有坦途,必须经历风浪,才能驶向成功的彼岸。失败是成功之母,没有搏斗,那便没有成功。挫折,它不是绊脚石,它却是成功的助跑器,所以用一颗平常的心去对待挫折,只要对自己有信心,那么自己就肯定充满力量。不要过分的顾及别人,过分的去注意别人对自己的看法。要以无所谓、平常的心态去对待任何挫折。

四、要注意语言的优化

言谈举止是一个人精神面貌的 体现,要开朗、热情,让人感觉随和亲切,平易近人,容易接触。

在语言方面,交谈总的要求是:文明、礼貌、准确。语言是交谈的载体,交谈者对它应当高度重视,精心斟酌,这是不言而喻的。在语言文明方面,我们要做到:不讲粗话、脏话、黑话、荤话、怪话和气话。在语言礼貌方面,我们应该使用一些礼貌用语,比如说:您好、请、谢谢、对不起、再见等等,这些词的使用时博得他人好感与体谅的最为简单易行的做法。在语言准确方面,要注意以下的问题:

1、发音要准确;

2、语速要适度;

3、口气要谦和;

4、内容要简明;

5、土话要少用;

6、外话要慎用。

只有使用文明、礼貌、准确的语言和他人交谈,才能促进彼此的沟通。

五、要有清晰的责任感

在我们的生活中,有些事情我们可以不去做,但责任要求我们去做,甚至责任要求我们完成一些以我们的能力很难完成的事情。如果你做到了,得到的不仅仅是心理上的坦荡和安然,你的精神和责任意识会感染别人,然后别人会因为你的影响而更有责任感。

在一个企业中,并不是所有的员工都能对自己的工作有强烈的责任感,但是如果他周围的同事、整个企业环境都充满一种责任的氛围,那么他也会深受感染,进而能够承担起自己的责任。因为,他发现,承担责任并不是件很困难和痛苦的事情;相反,担当起责任会给他一种骄傲的感觉,因为他在这个企业中同样是重要的、不可或缺的。与其逃避责任,不如勇敢地承担起来,说不定你的勇敢会成为你成功的契机。

虽然多数人是能够明白自己的责任的,但是坚持不懈地承担下去却不是很多人能够做到的。有些时候,坚持就是一种责任,尤其是在最困难的时候。

具有清晰的责任感是现代大学生的必备行为,是成为IT职业人员必备要素。没有清晰的责任感的人不能算完人,他将不能在社会上好好的生存,也不可能被人录用。所以我们应从此刻做起,好好的培养自己的责任心。

IT职业行为优化课对我来说,对我的影响极深,除了以上以上五点以外,还有很多,我就不一一说明了。只要我们记住要想成为一个合格的复合型的IT人才,不仅要把书本学的知识连在一起使用,还要不断的从生活汲取经验就行了。

第三篇:优化小结

优化第一步:

确定分子构型,可以根据对分子的了解通过GVIEW和CHEM3D等软件来构建,但更多是通过实验数据来构建(如根据晶体软件获得高斯直角坐标输入文件,软件可在大话西游上下载,用GVIEW可生成Z-矩阵高斯输入文件),需要注意的是分子的原子的序号是由输入原子的顺序或构建原子的顺序决定来实现的,所以为实现对称性输入,一定要保证第一个输入的原子是对称中心,这样可以提高运算速度。我算的分子比较大,一直未曾尝试过,希望作过这方面工作的朋友能补全它。以下是从本论坛,大话西游及宏剑公司上下载的帖子。将键长相近的,如

B12 1.08589 B13 1.08581 B14 1.08544 键角相近的,如

A6 119.66589 A7 120.46585 A8 119.36016 二面角相近的 如

D10-179.82816 D11-179.71092 都改为一致,听说这样可以减少变量,提高计算效率,是吗? 在第一步和在以后取某些键长键角相等,感觉是一样的。

只是在第一步就设为相等,除非有实验上的证据,不然就是纯粹的凭经验了。在前面计算的基础上,如果你比较信赖前面的计算,那么设为相等,倒还有些依据。但是,设为相等,总是冒些风险的。对于没有对称性的体系,应该是没有绝对的相等的。

或许可以这么试试: 先PM3,再B3LYP/6-31G.(其中的某些键长键角设为相等),再B3LYP/6-31G(放开人为设定的那些键长键角相等的约束)。

比如键长,键角,还有是否成键的问题,Gview看起来就是不精确,不过基本上没问题,要是限制它们也许就有很大的问题,能量上一般会有差异,有时还比较大

如果要减少优化参数,不是仅仅将相似的参数改为一致,而是要根据对称性,采用相同 的参数。例如对苯分子分子指定部分如下:

C

C 1 B1

C 2 B2 1 A1

C 3 B3 2 A2 1 D1

C 4 B4 3 A3 2 D2

C 1 B5 2 A4 3 D3

H 1 B6 2 A5 3 D4

H 2 B7 1 A6 6 D5

H 3 B8 2 A7 1 D6

H 4 B9 3 A8 2 D7

H 5 B10 4 A9 3 D8

H 6 B11 1 A10 2 D9

B1 1.395160

B2 1.394712

B3 1.395427

B4 1.394825

B5 1.394829

B6 1.099610

B7 1.099655

B8 1.099680

B9 1.099680

B10 1.099761

B11 1.099604

A1 120.008632

A2 119.994165

A3 119.993992

A4 119.998457

A5 119.997223

A6 119.980770

A7 120.012795

A8 119.981142

A9 120.011343

A10 120.007997

D1-0.056843

D2 0.034114

D3 0.032348

D4-179.972926

D5 179.953248

D6 179.961852

D7-179.996436

D8-179.999514

D9 179.989175

参数很多,但是通过对称性原则,并且采用亚原子可以将参数减少为:

X

X 1 B0

C 1 B1 2 A1

C 1 B1 2 A1 3 D1

C 1 B1 2 A1 4 D1

C 1 B1 2 A1 5 D1

C 1 B1 2 A1 6 D1

C 1 B1 2 A1 7 D1

H 1 B2 2 A1 8 D1

H 1 B2 2 A1 3 D1

H 1 B2 2 A1 4 D1

H 1 B2 2 A1 5 D1

H 1 B2 2 A1 6 D1

H 1 B2 2 A1 7 D1

B0 1.0

B1 1.2

B2 2.2

A1 90.0

D1 60.0

对于这两个工作,所用的时间为57s和36s,对称性为C01和D6H,明显后者要远远优于前者。

好,我真的很想知道这句话“你手工把坐标写好输入,输入为C2对称性”是什么意思?老是见到版面上有人说对输入施加对称性限制,就是不明白是怎么回事。您能详细解释一下吗?有例子就更好了。麻烦了谢谢!

比如,你要输入CO2,那么你这么输入 C 0.0 0.0 0.0 O 0.0 0.0 1.203212313123 O 0.0 0.0 1.203212313123 写得很精确,那就是对称性输入了。这样g98可自动判定为D∞h 如果你输入的差不多,比如: C 0.0 0.0 0.0 O 0.0 0.0 1.203212313123 O 0.0 0.0 1.204212313123 精度不够,那么g98就只能判定为 C∞h了。

再给你举个例子,比如甲烷的Td点群的输入坐标,考虑对称性,把C放在直角坐标的原点,四个氢放在四个角的顶点。C 0.0.0.H 1.1.1.H-1.-1.1.H 1.-1.-1.H-1.-1 1.这样出来的结果点群判断就会是正确的,当然这里的1我是随便取的一个值,只是来说明这个问题而矣。

谢谢二位指教,也就是说第一个输入的原子应该是对称中心,其它输入的原子应保持数值上的对应性。那对于用Gview或3D生成的分子构型,也可以根据这个原则将处于对称位置的原子的坐标改为一致了?如果分子很大(如我这次算的C14H14N4S20)有三个环,整体性的对称输入就有些麻烦,是不是可以先生成分子构型,然后利用对称性对它的笛卡儿坐标或矩阵坐标进行修改,将相近的坐标的数据改为一致?

“第一个输入的原子应该是对称中心,其它输入的原子应保持数值上的对应性”没错,做到这点就很方便了,“对于用Gview或3D生成的分子构型,也可以根据这个原则将处于对称位置的原子的坐标改为一致”那还不如用手动输入,大体系很难办了,如果体系太大,不用保持严格的对称性吧.有机分子,原子多了以后构型就没有什么对称性了。

但对于有些系统,比如 C60, 你当然得按照它的实际的对称性来输入。如果你希望你的计算按照某种对称性来做,那就一定要手工输入严格的 满足对称性的坐标.用软件生成的坐标,不是严格满足对称性,即使 用symm=loose,有时也不一定能判断出来。

各位大虾是用什么软件建模的呀,我是用SGI里sybyl软件进行构像搜索后取最低能量构像导入高斯程序的;有的是用chem3D直接建模,这样子有没有什么问题啊,应该怎么做,谢谢

通常也就是这些方法,建议还是认真的核实分子结构的是否合理,然后再试着增大迭代圈数,降低收敛判据.用什么软件建模并不是问题,对于我们量化计算,如vliant所说,核实分子的合理构型才是最重要的,包 括对个原子间的成键分析。就算不同的软件,也不可能保证给出的构型合理,因此我们一般都提倡手动输入坐标,就是为了加强对构型的理解,只有在这个基础上使用软件建模才能尽可能保证不出错。一个合理的计算结果不能寄希望于软件。

我们都知道常用的分子坐标输入有: 内坐标 直角坐标 混合坐标

分子构型输入方法的不同会对计算过程产生影响么?或者说,对于哪些体系,用哪种方法更好优化? “混合坐标”怎么讲?

我通常用内坐标,它能很好的控制对称性,且时间要短。

“混合坐标”是直角坐标和内坐标的混合使用,高斯手册上有讲这部分内容。有看过讲哪种体系使用哪种方法更好优化,好像这都是凭经验的结果。

在“免费资源”论坛中有本《计算化学》,其中第八章(67-72页)好像提到你所关心的问题,你可以下来看一下,或许有所帮助。

如果你使用缺省的优化方案且初始几何构型完全相同,那么,不论你使用何种坐标输入方式,优化结果应该是一样的。简言之,优化结果只取决于优化方案和初始几何构型,与坐标录入方式无甚关联。

于对称性限制的优化来说,显然以内坐标输入,且选用opt=z-matrix可以减少变量,使得优化效率提高。免费资源中《gauss入门》有介绍。

您冗余坐标是指有过剩的内坐标。冗余内坐标算法可以用于结构优化。

优化第二步:

对于大分子,一般要先预优化(如用PM3或AM1),有时是用部分优化,然后才用能达到实验精度方法和基组进行优化,就我所了解大多数情况下,6-31G(D)基组就差不多。

不好意思,我是新手,刚刚接触guassian,最近要算两个较大有机分子中原子的静电荷急相关能量和几何性质,分子中已经超过了80个原子(包括氢),用chemdraw画出图形,在chem3d中生成的input文件,可是,软件报错——2070~~ 好象说是连接(last link)错误,怎么回事,哪里出错了,各位指点一下~ 怎么,先用pm3预优化就可以了?? 我的意思是,初试构象对计算量有这么大的影响么??

我以前也遇到过相似情况,同一个分子,相同的计算条件,用gview画出的模型进行计算报2070的错,用chemdraw画的模型,chem3d生成的input文件进行计算就OK,完成可以计算完成。我还以为你画分子式的时候出什么问题了呢~~

只想优化H原子,其他重原子不做优化。怎样进行分子坐标输入,下面的坐标输入方法对吗?就是仅H原子的参数设置成Vairable.%chk=sample #p HF/6-31G* opt

Title line 0 1 cu 7.577854 5.926989 4.935050 cu 9.091644 8.489386 4.644861 cu 10.605857 5.766733 4.988313 p 10.432217 3.600341 5.598077 p 12.551342 6.888289 4.775263 p 7.164457 9.584280 4.209578 p 11.125158 9.457819 4.661391 p 7.503791 3.715690 5.278502 p 5.670551 7.057133 4.652208 s 9.100712 6.979012 6.564150 s 9.088921 6.492596 3.113104 n 8.884097 3.048614 5.950712 n 5.827205 8.602518 4.003874 n 12.406788 8.511755 5.225239 H 1 B14 2 A13 7 D12 H 1 B15 2 A14 7 D13 H 1 B16 2 A15 7 D14 H 1 B17 2 A16 7 D15 H 2 B18 1 A17 3 D16 H 2 B19 1 A18 3 D17 H 2 B20 1 A19 3 D18 H 2 B21 1 A20 3 D19 H 3 B22 1 A21 2 D20 H 3 B23 1 A22 2 D21 H 3 B24 1 A23 2 D22 H 3 B25 1 A24 2 D23 H 1 B26 2 A25 7 D24 H 2 B27 1 A26 9 D25 B14 2.990841 B15 2.990841 B16 2.985833 B17 2.985833 B18 3.009872 B19 3.009872 B20 2.998051 B21 2.998051 B22 3.015712 B23 3.015712 B24 3.002042 B25 3.002042 B26 3.489189 B27 3.477113 A13 161.290094 A14 146.871331 A15 108.517371 A16 96.114237 A17 106.549047 A18 100.057030 A19 155.415250 A20 145.871488 A21 163.425916 A22 138.991013 A23 105.076579 A24 99.387878 A25 66.120736 A26 65.475681 D12 64.540783 D13-53.098055 D14-163.347541 D15 152.573174 D16 152.164746 D17-162.671553 D18-56.766147 D19 42.781046 D20 46.122424 D21-46.534404 D22 150.210575 D23-164.670929 D24-78.866142 D25 109.837455 你如果要这么做的话,必须加opt=Z-matrix,这样的话它就只优化后面的H,前面的直角坐标就不会优化了。你只用了opt的话,那就是全优化了 你也可以通过molredunt来实现部分优化 固定原子的方法有许多,最简单的是这样的: #rhf/sto-3g opt nosymm test the two C atoms are frozen 0,1 8 0-1.000000 0.000000 0.000000 6-1 0.000000 1.000000 0.000000 6-1 0.000000-1.000000 0.000000 8 0 1.000000 0.000000 0.000000 我不知道你的那种方法行不行,但我这个肯定可以。前面我都贴出来了:)这可是我的心血噢。========= opt=z-matrix的部分优化。%Chk=reac-hf3 #p RHF/STO-3G opt(z-matrix,maxcyc=500)freq=noraman scf(maxcyc=200)reactant fopt 1 1 N-1-1.75389-0.48105 0.31424 H 0 x2 y2 z2 H 0 x3 y3 z3 H 0 x4 y4 z4 O-1 2.16296 0.18089-0.15503 H 0 x6 y6 z6 H 0 x7 y7 z7 H 0 x8 y8 z8 x2=-2.2088 y2=0.39705 z2=0.46255 x3=-2.14589 y3=-0.9279 z3=-0.4899 x4=-1.88451 y4=-1.06386 z4=1.11629 x6=1.36256 y6=0.28882 z6=-0.67401 x7=2.32973 y7=0.98241 z7=0.34634 x8=2.90378 y8=0.01009 z8=-0.74115 *********************************************** opt=modredundant的部分优化。

分子坐标部分可以为具体的数值,而不用为参数形式。%Chk=reac-hf3 #p RHF/STO-3G opt(modredundant,maxcyc=500)freq=noraman scf(maxcyc=200)reactant fopt 1 1 N-1-1.75389-0.48105 0.31424 H 0 H 0 H 0 O-1 2.16296 0.18089-0.15503 H 0 H 0 H 0 1 5 F

感谢各位大侠的帮助!

看了之后有个不明白的地方,还请大侠不吝赐教!在opt=modredundant的部分优化时最后一行的 1 5 F 是什么意思?

就是将第一和第五号原子的距离固定

问一个菜鸟的问题:N 后面的-1和H后面的0是什么意思?是像手册上所说的把坐标增加所需要的值吗? 见笑了!

-1指的是固定,0指的是优化,前面helpme贴的输入方法也是这样的

部分优化输入格式之二

opt=z-matrix的部分优化。%Chk=reac-hf3 #p RHF/STO-3G opt(z-matrix,maxcyc=500)freq=noraman scf(maxcyc=200)reactant fopt 1 1 N-1-1.75389-0.48105 0.31424 H 0 x2 y2 z2 H 0 x3 y3 z3 H 0 x4 y4 z4 O-1 2.16296 0.18089-0.15503 H 0 x6 y6 z6 H 0 x7 y7 z7 H 0 x8 y8 z8 x2=-2.2088 y2=0.39705 z2=0.46255 x3=-2.14589 y3=-0.9279 z3=-0.4899 x4=-1.88451 y4=-1.06386 z4=1.11629 x6=1.36256 y6=0.28882 z6=-0.67401 x7=2.32973 y7=0.98241 z7=0.34634 x8=2.90378 y8=0.01009 z8=-0.74115 *********************************************** opt=modredundant的部分优化。

分子坐标部分可以为具体的数值,而不用为参数形式。%Chk=reac-hf3 #p RHF/STO-3G opt(modredundant,maxcyc=500)freq=noraman scf(maxcyc=200)reactant fopt 1 1 N-1-1.75389-0.48105 0.31424 H 0 H 0 H 0 O-1 2.16296 0.18089-0.15503 H 0 H 0 H 0 1 5 F

冻结坐标的目的是什么了?我虽然会做但不太清楚Gaussian为什么会有这个功能.还有最近做了一个体系.有一个键如果不冻结的话.就优化不出那个反应中间体.那个键会断.我这样冻结键优化出来的结构计算频率也无虚频.它能看作为一个minima吗?这个结构可以作为我反应机理的中间体吗?我用溶剂化优化结构可以在不冻结坐标的情况得到一个和这个结构很接近的结构.冻结坐标有时是有用的,举几个例子:

1,如优化溶质分子和nH2O的supermolecule,周围的水分子,可能结构变化不大,这时就可以固定水的键长或键角,减少工作量。

2,如用cluster模拟大块固体,这时也许就要按照晶格参数固定原子键长和键角。3,又如不固定NH3-H-H2O中N-O键长是得不到质子传递势垒。

4,还有在优化稳定构型或过渡态得时候也有时用到部分优化得到接近得结果,再放开优化,这样逐步得到你想要得结果。

冻结坐标对一些大的体系,超分子体系好象是很有用的.好象做生物分子的反应时氨基酸残基必须先固定.但我这个体系如果不固定,只要一放开,结构就跑了会优化到其它构型上去.就算stepsize设得很小也没有用.优化第三步:

优化结果分析,一般要进行频率计算,无虚频,表示是极小值;有虚频,表示是过渡态。如果出现虚频,可根据虚频的简正模式进行调整以获得极小值,我还没有碰到这种情况,希望各位朋友能给些详细的资料。

如前信所说,键长键角有差别是很正常的,因为气相分子和晶体内分子的结构不可能完 全吻合,只可能近似相同。

另外,对不同元素的限制主要看基组是否能计算该类元素,例如你所采用的方法中用了

6-31G(D)基组,该基组支持H-Kr的元素,即可以计算Br原子但是不能够计算I原子。如果你所

用的基组不支持你所计算的某个原子可以采用扩展基组来进行计算,或者降低基组的精度。

我用Gaussian优化一个分子结构,由于目前实验上没有办法得到纯净的样品来实验验证,那么我怎么判断优化得到的结构是正确的?

一些主要的键长和键角的实验值或者别人计算的值是否和与你计算的分子类似? 这个判断不好做。

所谓正确不正确,如果计算出来的频率没有虚频,就表示你找到了一个局域稳定点。要确定是不是全局稳定点很难,只有通过别的方式比如HOMO-LUMO能级差等信息看你算出来态是不是稳定。

也觉得高级的方法和大基组的结果更可信,谢谢各位高手的指点!再问一个问题,如果出现虚频如何修改得到分子稳定的结构

用GV看一下,根椐产生虚频的振动模式调整结构

消去虚频有什么技巧?我有一个计算结果,虚频有三个,都只有-30~-20左右,如果结构改动过大,一不小心,虚频就会更大。头痛ing~~~

那你就把结构朝振动的方向改小一点试一下 你

确实据我了解,消除虚频的主要方法是改变构型。

其次在计算上还可以尝试:nosymm;加大循环次数;提高收敛度;iop(1/8=1)等。其实我自己也是有这个问题,对于势能面很平,较小的虚频很难消除。首先,1在优化时采用Scf(tight)的选项,增加收敛的标准。再去计算频率。如果 还有虚频,参见下一步。

2.对称性的影响,很多情况下的虚频是由于分子本身的对称性造成的。这样,在优化时,如果必要,要将对称性降低,还有,输入文件有时是用内坐标。建议如果有虚频的话,将内坐标改成直角坐标优化。

3.如果上述方法还有虚频,看一下虚频,找到强度较大的,将在频率中 产生的原子的振动坐标加到相应的输入文件中。这样,重新计算。直到 虚频没有。实际上,如果分子柔性较大,很难找到最低点,这是电子结构计算的问题,这种情况下,需要动力学的 东西,用构象搜寻的办法解决。如:模拟退火,最陡下降法,淬火法等。将得到的能量最低的构象做 一般的电子结构计算,这样,应当没有问题。

不要讲你还没有得到最稳定的结构,那么,是你的分子有问题,要么计算错了,要么就是游离出现代计算的范畴 zixia上大虾的回复: 将内坐标改成直角坐标优化”这一方法没有多大作用,我试过,还是一样的结果 另外如果是根据振动频率的模式来调整分子结构的话,还要注意调整完后的分子结构 对应的能量是不是比未调整之前有所降低,如果没有,说明还是不行。

alwens兄所讲的第三点,经过我的猜测和与alwens的探讨,终于知道应该怎么做: 分子结构输入用直角坐标,将这些产生虚频的振动坐标直接与原始坐标相加。alwens兄进一步提到: 这个方法有时候不太好。

不一定将坐标全部加上。有时候可以选择加1/2等。主要的目的是去掉由分子对称所形成的虚频。

象上面的那个计算,完全可以再利用scf(tight)的选项消掉1-2个虚频。强度很小。

又多学了一招,自我感觉很幸福中„„^_^ 怎么把内坐标改成直角坐标啊 看你的输出文件

Full point group CS NOp 2 Largest Abelian subgroup CS NOp 2 Largest concise Abelian subgroup CS NOp 2 Standard orientation:-------Center Atomic Atomic Coordinates(Angstroms)Number Number Type X Y Z-------1 46 0-0.242506 1.028743 2.204311 2 46 0-0.476137 2.619863 0.000000 3 46 0-0.242506 1.028743-2.204311 4 46 0-0.242506-1.618028-1.382208 5 46 0-0.242506-1.618028 1.382208 6 46 0-1.725240 0.349678 0.000000

这一部分就是,如果没有,看 Input orientation:也行。

在opt的选项中加入“tight”或“saddle=0”,若是计算过度态,应是“saddle=1”。但是,也不一定能消除虚频!最好,将结构重新做一下,注意分子的构型,如CH3的三个H与相邻基团是交叉,还是重叠!请教虚频

请问如何知道虚频的结构是什么,是不是频率计算负值都可以认为是虚频,那我用gaussianview 看有三个负值,接下来我想做过渡态,用IRC,那我应该怎么弄呢?谢谢指导 你的输出文件中这部分就是看是否有虚频的

A“ A' A” Frequencies---65.9781 56.7053 59.7893 Red.masses--105.9032 105.9032 105.9032 Frc consts--0.2716 0.2006 0.2231 IR Inten--4.2436 0.0151 1.4107 Raman Activ--0.0000 0.0000 0.0000 Depolar--0.0000 0.0000 0.0000 Atom AN X Y Z X Y Z X Y Z 1 46-0.49 0.13-0.15-0.41-0.16 0.08-0.10 0.15 0.22 2 46 0.00 0.00 0.16 0.64-0.01 0.00 0.00 0.00-0.18 3 46 0.49-0.13-0.15-0.41-0.16-0.08 0.10-0.15 0.22 4 46-0.22 0.05 0.08 0.05-0.06 0.09-0.26-0.19 0.00 5 46 0.22-0.05 0.08 0.05-0.06-0.09 0.26 0.19 0.00 6 46 0.00 0.00 0.44-0.06 0.23 0.00 0.00 0.00-0.31 7 46 0.00 0.00-0.23-0.11 0.01 0.00 0.00 0.00 0.52 8 46 0.00 0.00-0.24 0.23 0.20 0.00 0.00 0.00-0.48 Frequencies 那一行数值为负,即有虚频。有三个负值,说明找的不是过渡态。但是如果另外两个虚频很小,而另外一个虚频很大,而且它的振动模式对应于你所计算的反应模式(比如反就前后某一键的拉长,缩短等),在计算所用的方法充许校正范围内,也还可以认为是找到过渡态。但是一般要求能够把另外两个虚频去掉。方法是要据振动模式,调整结构,再优化。

般认为,过渡态仅有一个虚频,中间体没有虚频!建议仔细阅读《Exploring Chemistry with Electronic Structure Methos》和《G98W程序使用入门》,后者稍微简单一点,厦大的免费资源里有!

有一个虚频是过渡态的必要条件;有几个虚频肯定不行了,有时候有一个虚频也不一定就找准了,做IRC成功就可靠了。另:复合物也会有小的虚频,只要不大于100,也可认为是一极小值。

没错,有些体系可能存在several or many local minima,那么找到的具有一个虚频的过渡态可能连接两个loccal minima,而非连接反应物和产物,因此必须做IRC来判断.关于虚频的物理意义

自恨理论功底浅薄,所以特地在此向诸位高手求教:

在寻找过渡态计算中opt=ts, 需要计算频率,如果有一个虚频就说明优化所得的构型是个 过渡态。有时在做部分限制优化opt=minimal时,也能得到一个虚频(一般发生在frozen 部分的化学键上)。我想问一下,虚频的数值大小本身具有什么物理意义。后一种情况是否也可以认定为过渡态。

我的理解:

虚频就是在这个振动方向上力常数是负的

过渡态之所以有一个虚频,是因为它是一个鞍点,鞍点上有一个负的梯度的方向 分子沿这个方向振动时将转化为反应物或产物。就象从山上掉下来,受到的力可以 认为是负的。

但并不是有一个虚频就是过渡态,还要在这个虚频的振动方向上分别指向反应物和 产物

有一个虚频并不一定是你想要的过渡态,你要看虚频的振动方向是不是对应着反应的方向。从概念上说,虚频就是化学反应方向上的简正坐标的二次偏导小于零。

另外,根据我的经验,这个虚频的负值应该大一些,如果这个值太小,那也不足信。不知对不对,呵呵!

优化输出信息:

这说明优化失败了,没有收敛,你可以尝试:

1。降低收敛标准(算一般的有机分子不要紧,如果是过渡金属,那就不要了)2。增大循环次数 3。换基组和算法 4。改变初始猜测

是有机分子阿,呵呵,用的是AM1,还是太大吗hsi

这种不收敛的情况可能是你最初用软件建模的时候构型不合理,仔细考虑一下你的分子的构型是否合理,是否还存在其它的构型,单纯地降低收敛标准意义不大,不过你可以先尝试一下增大循环次数,最多scf(maxcyc=300),再不收敛的话就不是循环的问题,是构型不对。

S能不能说说,π轨道和σ轨道的组成上有什么差别?这方面我比较欠缺。ure.You can directly analyze the components of the molecule orbitals from the population in the *.log file.我在版面上说过了,当初的讨论还真是热烈:)你可以翻看一下

我这里简述几句:

π轨道主要是由npx,npy,nd-1,nd+1组成σ轨道主要是由ns,npz(键轴方向),nd0

还有,nd+2,nd-2主要是组成δ轨道。

opt 是可以restart,前面的中间文件是少不了的。1, %chk=...#..opt Stopped 2, %chk=...#..opt(restart)guess=read geom=allcheck-----------------对弈freq的restart,是要采用数值计算方法才可以restart。(以下我省略chk和方法的输入,自己加上)1, freq(numerical)2, freq(restart,numerical)guess=read

OPT=restart不能进行,why 因为死机OPT被中断,我采用OPT=restart继续进行,但是出现以下情况:

Restoring state from the checkpoint file “Mn7O14V11O2-PCOPT1-2.chk”.FileIO operation on non-existent file.FileIO: IOper= 2 IFilNo(1)=-997 Len= 120004 IPos= 0 Q= 8710320

dumping /fiocom/, unit = 1 NFiles = 16 SizExt = 524288 WInBlk = 512 defal = T LstWrd = 667136 FType=2 FMxFil=10000 Number 0 0 0 0 0 508 522 598 Base 144896 149504 142848 22016 444416 143360 143872 172032 End 146944 172032 143360 142336 667136 143375 144572 172034 End1 146944 172032 143360 142336 667136 143872 144896 172544 Wr Pntr 143360 149504 142848 22016 199168 143360 143872 172032 Rd Pntr 143360 149504 142948 142020 199168 143360 143872 172032 Number 634 991 992 994 995 996 998 999 Base 199168 147456 146944 20480 142336 21504 20992 172544 End 444168 149097 146949 20510 142346 21554 21042 198796 End1 444416 149504 147456 20992 142848 22016 21504 199168 Wr Pntr 199168 147456 146944 20480 142336 21504 20992 172544 Rd Pntr 199168 149097 146949 20510 142346 21554 21042 172545

dumping /fiocom/, unit = 2 NFiles = 5 SizExt = 0 WInBlk = 512 defal = F LstWrd = 267264 FType=2 FMxFil=10000 Number 0 508 522 634 998 Base 266245 20480 20545 21245 20495 End 267264 20495 21245 266245 20545 End1 267264 20495 21245 266245 20545 Wr Pntr 266245 20480 20545 21245 20495 Rd Pntr 266245 20480 20545 21245 20495

dumping /fiocom/, unit = 3 NFiles = 1 SizExt = 524288 WInBlk = 512 defal = T LstWrd = 66048 FType=2 FMxFil=10000 Number 0 Base 20480 End 66048 End1 66048 Wr Pntr 20480 Rd Pntr 20480 Error termination in NtrErr: NtrErr Called from FileIO.为什么我的file IO会不存在?是什么参数设漏了吗?请各位大虾支持,谢谢!

在你前一次的计算中,第一单点的计算未完成,所以,checkpoint文档中尚无优化过程的信息,无法restart.过渡态优化过程中遇到一个这样的问题

我在过渡态优化过程中用这样的方法 # hf/6-31g(d)opt=(ts,calcfc)freq当运行到L999时Link died请问可能是什么原因?是不是我的过渡态输入有问题?另外,寻找过渡态有哪些技巧,请指教!

你的计算在设定的步数里面没有找到过渡态。这有两个可能:一是初始输入的构型不好。二是循环次数不够(可以maxcycle=大一点的数)。具体还是等高手来指点吧。

对于决定收敛结构的标准,做了一些很小但很重要的变动。当力比截断值小两个数量级时(即,极限值的1/100),结构即被认为是收敛的,即便是位移比截断值还大。这个变动有利于大分子的优化,因为它们的最小值周围可能有非常平缓的势能曲面。(G98manual p106)所以你的opt有2个yes 频率计算完成后还有一次优化,可能这次就优化到3个了

!做频率分析的时候只需要用Freq就可以,不需要加Raman选项,对吗? freq=noraman不作拉曼强度计算,可以提高10%-20%的计算速度.算一个分子的电离能,里面有I,CL 在优化起正离子的时候老是没有没有结果 体系的能量趋势不固定,有时大有时小,MAXCYCLE=80后出现2个YES,然后DIE LINK 999 但是COPY。OUT最后的构型再去优化后 结构4个全是NO 现在还在算,但是还是NO 怎么办? 要OPT=CALCALL吗?有什么用? 另外,还有一个题外的问题 这样写对吗?

OPT(MAXCYCLE=80,STEPSIZE=10)可以吗?

增大优化次数,optcyc=N;N给大一些。opt=(maxcycle=N)也一样

前面的老帖子已经讲到这些,好象在免费资源里的Gaussian98 tips.一部分引用如下:

First, whenever you encounter SCF convergence failures you need to look at the progress of the SCF by using #P in place of # which will print out the status at each iteration.It is useful to know if the SCF is converging slowly, oscillating, taking large jumps etc.Slow convergence can be a sign that a higher order converger like SCF=QC would be helpful.Oscillations can be a sign that a small HOMO/LUMO gap is causing a flip in the occupied orbitals and SCF=VShift=n is useful.Large jumps can indicate that a poor initial guess or a change in the electronic state from the initial guess has occured and normal convergence will eventually achieved but after a larger number of cycles and a better initial guess would help.Second, whenever possible it is helpful to start with a smaller basis set, i.e.STO-3G, LANL1MB, etc for single points.This is cheaper and so you can often generate a better initial guess which can be used with GUESS=READ and the larger basis set and without the more expensive options.In your case the SCF converges initially quite smoothly and then bounces around without making progress.This makes SCF=QC a likely approach to clean up this problem, at least at the initial point.You might want to look at adding IOP(5/13=1)which allows the SCF to print out the MO's even in the event that convergence was not reached.This should only be used with single points, i.e.remove OPT.As to optimization constraints.To freeze atomic coordinates you should turn on NoSymm.This method of freezing structures causes problems for redundant internals which are being looked into but NoSymm fixes the most serious ones.下面是血红素的化学合成的模型,由于分子有点大,又加上有个Fe,所以优化非常困难,请求斑竹支 高招:

(1)这是一个高度对称的分子,如何利用加虚原子,提高计算速度?

(2)优化Fe,我采用了LANL2DZ,请问有没有更好的基组?怎么手工加基组?(3)由于变量太多,您认为我通过怎样的办法,减少变量来提高计算速度? 非常感谢!!做出文章了,我一定挂你的大名,呵呵。

S O 1 B1 Fe 2 B2 1 A1 N 3 B3 2 A2 1 D1 N 3 B4 2 A3 1 D2 N 3 B5 2 A4 1 D3 N 3 B6 2 A5 1 D4 C 4 B7 3 A6 2 D5 C 8 B8 4 A7 3 D6 C 9 B9 8 A8 4 D7 C 4 B10 3 A9 2 D8 C 5 B11 3 A10 2 D9 C 12 B12 5 A11 3 D10 C 13 B13 12 A12 5 D11 C 5 B14 3 A13 2 D12 C 6 B15 3 A14 2 D13 C 16 B16 6 A15 3 D14 C 17 B17 16 A16 6 D15 C 6 B18 3 A17 2 D16 C 7 B19 3 A18 2 D17 C 20 B20 7 A19 3 D18 C 21 B21 20 A20 7 D19 C 7 B22 3 A21 2 D20 C 23 B23 7 A22 3 D21 H 24 B24 23 A23 7 D22 C 11 B25 4 A24 3 D23 H 26 B26 11 A25 4 D24 C 16 B27 6 A26 3 D25 H 28 B28 16 A27 6 D26 C 20 B29 7 A28 3 D27 H 30 B30 20 A29 7 D28 H 1 B31 3 A30 2 D29 H 9 B32 8 A31 4 D30 H 10 B33 9 A32 8 D31 H 13 B34 12 A33 5 D32 H 14 B35 13 A34 12 D33 H 17 B36 16 A35 6 D34 H 18 B37 17 A36 16 D35 H 21 B38 20 A37 7 D36 H 22 B39 21 A38 20 D37 B1 4.21561119 B2 1.64053835 B3 2.01170682 B4 2.00223534 B5 2.01140630 B6 2.01948030 B7 1.38502525 B8 1.45027869 B9 1.36206816 B10 1.38792662 B11 1.38546948 B12 1.45027336 B13 1.36191526 B14 1.38377173 B15 1.38899517 B16 1.45046091 B17 1.36116892 B18 1.38527197 B19 1.39574494 B20 1.44813170 B21 1.36193008 B22 1.39696571 B23 1.37779525 B24 1.08374598 B25 1.38063627 B26 1.08377153 B27 1.37911143 B28 1.08372124 B29 1.37753366 B30 1.08361344 B31 1.37864549 B32 1.07802759 B33 1.07801256 B34 1.07797961 B35 1.07795952 B36 1.07798544 B37 1.07794319 B38 1.07803016 B39 1.07806743 A1 6.31961440 A2 94.07195309 A3 95.30512753 A4 94.38669042 A5 94.58713162 A6 127.10303272 A7 109.89556522 A8 107.10994453 A9 126.54307980 A10 126.81263629 A11 109.85724161 A12 107.06302128 A13 126.91593763 A14 126.68048694 A15 109.77898998 A16 107.13028054 A17 126.98352930 A18 126.67933314 A19 109.65642922 A20 107.43086078 A21 126.85650291 A22 125.36309437 A23 117.60829677 A24 125.56378588 A25 117.60334742 A26 125.52442366 A27 117.63863540 A28 125.46104554 A29 117.64536447 A30 98.48331793 A31 124.49018481 A32 128.37464062 A33 124.51087771 A34 128.41640662 A35 124.47708155 A36 128.39197501 A37 124.32863598 A38 128.24305473 D1-108.51711460 D2 161.17665430 D3 70.83221148 D4-18.82295908 D5 85.79136868 D6-174.21655652 D7 0.09638172 D8-87.07481057 D9 86.40576040 D10-175.60372334 D11-0.05103700 D12-88.28171080 D13 88.94769251 D14-174.64817315 D15 0.35121394 D16-84.34232126 D17 84.15970765 D18-172.91552513 D19 0.72935930 D20-85.63442533 D21-5.66240036 D22 179.49688145 D23-6.19734957 D24-179.54995066 D25 4.93855843 D26 179.77279426 D27 6.47288831 D28-179.56429342 D29-89.13791474 D30-179.79660459 D31-179.88612542 D32-179.83142492 D33-179.77466949 D34-179.60732447 D35-179.84766166 D36-179.39904616 D37 179.72163849

我也在做大分子的计算,希望能交流交流。我的电子邮件:chsun@imr.ac.cn 我的经验是先做PM3优化,然后再用精度高的方法和基组。

你的前三个原子,不是一条直线吗?如果是直线,那对称性就可以是C4v了。如果不是直线,那至少要做成cs对称性吧?把前三个分子所在的平面作为对称面。你现在的对称性是没有——虽然看上去很对称。Fe用赝势基组不知道会怎么样,你可以看看别人的文章。

做优化的时候,可以固定一些外层的原子,只让和中间的原子相连的动。

大约有3M 另外,Fe、O、S分子是在一条直线上么?如果不是,你可以将吡啶环上的参数先减少了,然后再加Fe、O、S,肯定能够减少不少参数,但是不知道由没有实际意义了

1)我谈一下我做过的体系加虚原子的经验,希望对你有帮助:一般情况下,虚原子加在分子的对称中心,或键轴Cn轴上,如要加第二个,可放在垂直于Cn轴的方面上。(2)你可以到基组库去寻找基组,可能要比单单的Lanl2Dz效果好

(3)你的体系高度对称,肯定有不少的CH键长键角是一样的(或者差别很小),一律设为一个参数,让它同步优化。

PS:你的输入文件的参数也太多了点

我看了一下你的结构,你说是高度对称?我想问你一下这是你手建的吗?从你的坐标看好象没有对称性。32号H怎么位置这么怪!我认为你的结果最高对称性是 C(4V),最好手建一下为好(如不考虑外场作用)。

这种体系的计算现在非常热门也非常有难度,上次我们听的以色列教授介绍的也是这方面的内容,这种体系以我们的水平可能很难处理好。你可能要找到做这方面的专家指导才会有很好的效果,否则很难分析清楚计算出的结果。

上次以色列教授沙松过来我们这边就是介绍的有关P450的计算,虽然我没有听懂什么,不过以我自己计算含金属的小分子经验来看,关于这种体系很难处理的部分就在于如果控制中心金属原子铁和周围配体的配位情况,以及了解中心金属原子的电子占据,如果你仅是靠软件产生体系的输入坐标,可能计算很难达到你想要的结果。这些坐标的产生可以要靠自己的经验来步步设置,所以就像你所说的太细节的东西是很难说清楚的,因为他们在计算过程中拥有比你更多的经验。只能给你这些参考性建议了,没有什么实质性的帮助。

我的输入文件是:

%chk=zux3

#p hf/lanl2dz opt symm=loose scf=(maxcycle=200)test

zux3

0 1

0.000000 0.000000 1.463625 6-2.059783 0.151849 1.234523 8-3.189332 0.235187 0.995024 6 0.153438 2.073727 1.558845 8 0.238770 3.225066 1.644723 6 0.000000 0.000000 3.544137 8 0.000000 0.000000 4.703699 6 0.000000 0.000000-0.664692 6 0.000000 0.000000-1.891052 6 0.000000 0.000000-3.251669 7-1.186271-0.125670-3.989741 6-2.427060-0.359632-3.218024 6-1.381218 0.710276-5.201852 1-2.263789-1.158724-2.497766 1-2.749787 0.537294-2.683916 1-3.209142-0.660105-3.913517 1-0.432645 1.124763-5.529600 1-1.810550 0.110340-6.005013 1-2.062473 1.534158-4.980011 6 2.059783-0.151849 1.234523 8 3.189332-0.235187 0.995024 6-0.153438-2.073727 1.558845 8-0.238770-3.225066 1.644723 7 1.186271 0.125670-3.989741 6 2.427060 0.359632-3.218024 1 2.263789 1.158724-2.497766 1 2.749787-0.537294-2.683916 1 3.209142 0.660105-3.913517 6 1.381218-0.710276-5.201852 1 0.432645-1.124763-5.529600 1 1.810550-0.110340-6.005013 1 2.062473-1.534158-4.980011

分子的点群是c2,但是优化第二轮是就出错了,Omega: Change in point group or standard orientation.Error termination via Lnk1e in d:g98wl202.exe.如果我不用关键词symm=loose,优化时分子点群就变成了c1。

请高手指教,这是何原因呢?若我想保持分子仍是c2,改如何处理?

3x!换内坐标吧

opt=Z-matrix 你用内坐标可能会好一点吧?而且也能保证你的对称性的。[em12][em12] Angle between quadratic step and forces= 29.72 degrees.Linear search not attempted--first point.Iteration 1 RMS(Cart)= 0.00036483 RMS(Int)= 0.00000015 Iteration 2 RMS(Cart)= 0.00000015 RMS(Int)= 0.00000006 Variable Old X-DE/DX Delta X Delta X Delta X New X(Linear)(Quad)(Total)R1 2.05001-0.00006 0.00000-0.00017-0.00017 2.04984 R2 2.83834 0.00000 0.00000 0.00009 0.00009 2.83844 R3 2.05240-0.00007 0.00000-0.00023-0.00023 2.05218 R4 2.05240-0.00007 0.00000-0.00023-0.00023 2.05218 R5 2.03466-0.00003 0.00000-0.00007-0.00007 2.03459 R6 2.47511 0.00010 0.00000 0.00015 0.00015 2.47526 R7 2.02743-0.00009 0.00000-0.00024-0.00024 2.02719 R8 2.51854 0.00015 0.00000 0.00038 0.00038 2.51892 A1 1.94852-0.00009 0.00000-0.00069-0.00069 1.94783 A2 1.88382 0.00007 0.00000 0.00042 0.00042 1.88424 A3 1.88382 0.00007 0.00000 0.00042 0.00042 1.88424 A4 1.93636-0.00006 0.00000-0.00034-0.00034 1.93602 A5 1.93636-0.00006 0.00000-0.00034-0.00034 1.93602 A6 1.87204 0.00008 0.00000 0.00063 0.00063 1.87267 A7 2.06277 0.00007 0.00000 0.00058 0.00058 2.06335 A8 2.15661 0.00001 0.00000 0.00012 0.00012 2.15674 A9 2.06380-0.00008 0.00000-0.00071-0.00071 2.06310 A10 2.19767 0.00004 0.00000 0.00041 0.00041 2.19808 A11 2.13077-0.00008 0.00000-0.00050-0.00050 2.13027 A12 1.95474 0.00004 0.00000 0.00009 0.00009 1.95483 D1 3.14159 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 3.14159 D2 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 D3 1.03955 0.00001 0.00000 0.00017 0.00017 1.03972 D4-2.10204 0.00001 0.00000 0.00017 0.00017-2.10187 D5-1.03955-0.00001 0.00000-0.00017-0.00017-1.03972 D6 2.10204-0.00001 0.00000-0.00017-0.00017 2.10187 D7 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 D8 3.14159 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 3.14159 D9 3.14159 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 3.14159 D10 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 Item value Threshold Converged? Maximum Force 0.000148 0.000450 YES RMS Force 0.000059 0.000300 YES Maximum Displacement 0.000912 0.001800 YES RMS Displacement 0.000365 0.001200 YES Optimization completed.--Stationary point found.详细解释一下好吗,这一段几乎全看不懂

Iteration 1 RMS(Cart)= 0.00036483 RMS(Int)= 0.00000015 Iteration 2 RMS(Cart)= 0.00000015 RMS(Int)= 0.00000006 这应该是按笛卡尔坐标和内坐标计算的均方误差,比较的标准不清楚!

Variable列是输入的变量;Old X列是上一次的变量值;-DE/DX是能量对坐标的一阶导数,是判断驻点的依据;Delta X是与上次相比变量的变化;New X是新的变量数值!

SCF Done: E(RHF)=-113.866331170 A.U.after 12 cycles Convg = 0.1529D-08-V/T = 2.0020 S**2 = 0.0000 NROrb= 34 NOA= 8 NOB= 8 NVA= 26 NVB= 26 最后一行是什么东东?

总轨道数34,Alpha占居轨道8个,Beta占居轨道8个,Alpha虚轨道26个,Beta虚轨道26个!NROrb=number of orb NOA= numberof alpha occupied orb NVA=number of virtual alpha orb

结构优化的时候有没有可能出现这种情况:

即构型在两个或几个结构循环变化,总也不能达到终点 可能出现么?如果这样的话该如何处理?非线形搜索? 多谢!

“构型在两个或几个结构循环变化,总也不能达到终点,可能出现么?”这个问题是你实际遇到的,还是凭空想出来的?几个结构在势能面上对应着局部最小,自洽场的结果是会到达一个局部最小值,而不会出现在几个个结构循环变化。我觉得你想说的是收敛振荡的问题吧?

他指的可能是结构优化振荡,我曾经用过iop(1/8)里的一些选项,对控制结构优化有一定帮助

我现在遇到的问题是这样的,优化了很多圈,但每次的能量总是在很小的范围内起伏

只能在Force上达到两个YES,而Displacement上总是NO,我觉得就象是在几个结构中振荡一样,这是所谓的优化振荡么?

iop(1/8)里有设定优化步长的功能:

0 DXMAXT = 0.1 BOHR OR RADIAN(L103, Estm or UnitFC).= 0.3 Bohr or Radian(L103, Read or CalcFC).= 0.2 Bohr or Radian(L105).= 0.3 Bohr or Radian(L113, L114).N DXMAXT = 0.01 * N 哪里有关于iop(1/8)的详细内容呢??

在免费资源版有IOP的pdf文件

谢supi!使用了iop(1/8=1)结构终于优化完了,但这说明什么呢?体系的能量对于结构的微小变化很敏感?还是说势能面比较平坦?

版上的今天刚贴的Guassian tips这篇贴子中最后有提到收敛遇到的一种情况就是“taking large jumps”.对于优化默认采用的步长为0.3Bohr对你优化的结构来说太大,所以你看到结果能量总是在很小的范围内起伏.因此你使用IOP(1/8=1)设置步长为0.01Bohr,而达到收敛的最终结果,说明这个结构的势能面是起伏不平的,对结构的变化非常敏感.不过,这种情况也像是oscillating,建议用SCF(Vshift=300)试一下,看能不能收敛到同一结果?

试了好几次,总觉得使用二次收敛方法scf=qc,对收敛没有什么太大的效果,反而不如以前.而且对于oscillating采用SCF(Vshift=N)来说,由于DFT已经使用N=200,即使增大N的值对收敛的结果也无明显效果,比不上减小优化步长.但是对于减少步长来说,机时消耗太大,虽然在能量上比前者来得低,但是仍可能达不到收敛的预期效果,因此这些都说明了一个问题:The initial guess isn't very good.关于如果处理这些问题,《计算化学》上给出了一些更好的建议。

看了关于学术腐败的讨论,很惭愧,学习高斯已经有好几个月,还停留在Opt阶段,而且还有不少问题,先问两个吧,请莫见笑。

1.我发现构型优化时,Opt(tight)和只有Opt时,机时差别若干倍,但结果好像差的不是很多,为什么? 2.对于大分子,可以先用小基组优化,而后再用更高级基组优化,具体写输入文件时,小基组时的分子说明部分用初始分子构型的数据,而更高基组优化时的分子说明部分应该用小基组的计算结果,怎么写呢?

。opt=tight采用了更为严格的收敛标准,使用选项Opt=Tight的优化计算比使用默认截止点的优化计算要多算几步。所用的时间当然也大得多了。要注意我们使用的能量的原子单位是个很大的数值1au=627.51kcal/mol,也许用两种方法算出来的能量只差了0。05个单位,可换算一下就有30多的kcal/mol!2。你可以先用小基组算,然后用前面的chk文件来作大基组的计算。在控制行加入geom=check,guess=read,就不用分子构型输入了

结构优化不收敛,一般有什么OPT=ReadFc, opt=CalcFc, opt=calcAll,或者设置maxcycle,opt=restart等等,但有没有人知道那种最为有效?具体方法怎样?当然有示例是最好的了!呵呵:)谈谈我的想法: 我感觉结构不收敛可能与你的初始猜测有关,也许先固定某些键长键角再优化,事后再放开优化会比较容易收敛.采用低级算法先计算只是其中的方法之一,你为何一直要用这种方法?有什么依据? 如果你顺利解决了你的计算,那就谈谈你的经验如何?

我觉得采用OPT=CALCFC并不一定得到好的结果,有时候收不收敛实际和我们处理的化学问题相关,而不仅仅是用计算上的技巧进行解决.比如两个原子间电子占据没有sigma成键,但是存在强的sigma非键作用,那么它们之间的斥力很强,计算就很难收敛形成稳定的体系.因此在处理收敛的问题时,我们应该多分析不收敛的问题实质,是电子的什么运动状态引起的,而非看到不收敛就想利用一些key来解决,我自己也试过一些key,包括opt=calcfc,allcfc,NoDIIS,QC等等(包括一些强制性的手段),并不是很有效,因为它们都是从技术的角度来解决问题.如果一个体系能形成稳定的体系,那么它不依靠这些key也是能解决的.反而如果一体系不收敛只是利用了这些技术就收敛了,那么这种结果如何可信?前面的贴子中,有些技巧诸如调整原子间的距离和键角,这些手段才是比较有效的,因为它直接影响了原子间的电子运动状态,即波函数,我们有时候初始猜测不正确就是因为程序给出的电子的占据状态错误而直接影响了原子间的成键,这时就需要对电子占据的轨道进行调整,Guess=alter,这对于过渡金属的计算来说特别要注意,因为G98总不能给出正确的初始猜测.谢谢诸位意见,收益非浅。我起初一直认为我的初始模型是正确的,但后来我试过4个模型,才发现初始结构非常重要。开始三个是MnO2理想的晶体结构,通过改变键长希望结构优化收敛,但是失败。我又重新定义采用MnO2的真实晶胞参数,现在结果有些眉目,能收敛只是没有正常结束,可能是我吸附分子的坐标出了点问题,出现

Error on Z-matrix card number 23 angle Alpha is outside the valid range of 0 to 180.所以我深切体会到楼上师兄的话:调整原子间的距离和键角,这些手段才是比较有效的。我现在才发觉,G98真是一个费内存,费时间的东西,很多计算要的是经验,你计算的垃圾多了,你才知道你需要什么!这个过程真够悲惨。

第四篇:总结数位DP算法

数位dp是一种计数用的dp,一般就是要统计一个区间[le,ri]内满足一些条件数的个数。比如,[1,10000] 中统计不含有4的数。

所谓数位dp,字面意思就是在数位上进行dp咯。就是对数字每一位每一位递推

此类题目最基本的暴力方法:

1.for(int i=le;i<=ri;i++)

2.if(Check(i))ans++;

而数位DP就是从最低(高)位起,一位一位的放数字,然后记忆化一下,累加一下

有两种方法,一是递推,二是记忆化搜索

一,记忆化搜索:

思路来自: 数位dp总结之从入门到模板 假设题目要求是不含有62的数

状态定义:d[pos][pre] 表示当前枚举到pos位置,且pos+1位的数字是pre,此时满足题意的数字的个数(也即是pre==6时,pos该位置不能放2)还要个数组a[i]保存第i位的数字,如213,a[0]=3,注意是从右往左数

有个问题是枚举第pos位数时,此位置放数字的范围要判断一下,比如题目给出在[1,894] 枚举的时候要判断是否在894以内

比如,213,第一位放了2,那么第二位就只能放0~1,所以模板中用了个limit判断pos前的几位数字是否与n一样,true的话只能枚举0~a[pos],false就是0~9,不然比题目要求的213大了

还有个问题是前导0的问题,假如枚举5位数,你放的时候前2位都是00,那数字不变成3位了嘛,所以需要个lead保存前几位是否都是0,当然这是看题意的,有时候题目不要求,可以直接省去

好了,看模板:

1.typedef long long ll;2.int a[20];

3.ll dp[20][state];//不同题目状态不同

4.ll dfs(int pos,/*state变量*/,bool lead/*前导零*/,bool limit/*数位上界变量*/)//不是每个题都要判断前导零

5.{

6.//递归边界,既然是按位枚举,最低位是0,那么pos==-1说明这个数我枚举完了

7.if(pos==-1)return 1;/*这里一般返回1,表示你枚举的这个数是合法的,那么这里就需要你在枚举时必须每一位都要满足题目条件,也就是说当前枚举到pos位,一定要保证前面已经枚举的数位是合法的。不过具体题目不同或者写法不同的话不一定要返回1 */ 8.//第二个就是记忆化(在此前可能不同题目还能有一些剪枝)

9.if(!limit &&!lead && dp[pos][state]!=-1)return dp[pos][state];10./*常规写法都是在没有限制的条件记忆化,这里与下面记录状态是对应,具体为什么是有条件的记忆化后面会讲*/

11.int up=limit?a[pos]:9;//根据limit判断枚举的上界up;这个的例子前面用213讲过了

12.ll ans=0;13.//开始计数

14.for(int i=0;i<=up;i++)//枚举,然后把不同情况的个数加到ans就可以了

15.{

16.if()...17.else if()...18.ans+=dfs(pos-1,/*状态转移*/,lead && i==0,limit && i==a[pos])//最后两个变量传参都是这样写的

19./*这里还算比较灵活,不过做几个题就觉得这里也是套路了

20.大概就是说,我当前数位枚举的数是i,然后根据题目的约束条件分类讨论

21.去计算不同情况下的个数,还有要根据state变量来保证i的合法性,比如题目

22.要求数位上不能有62连续出现,那么就是state就是要保存前一位pre,然后分类,23.前一位如果是6那么这意味就不能是2,这里一定要保存枚举的这个数是合法*/

24.}

25.//计算完,记录状态

26.if(!limit &&!lead)dp[pos][state]=ans;

27./*这里对应上面的记忆化,在一定条件下时记录,保证一致性,当然如果约束条件不需要考虑lead,这里就是lead就完全不用考虑了*/

28.return ans;29.}

30.ll solve(ll x)31.{

32.int pos=0;

33.while(x)//把数位都分解出来

34.{

35.a[pos++]=x%10;//个人老是喜欢编号为[0,pos),看不惯的就按自己习惯来,反正注意数位边界就行

36.x/=10;37.}

38.return dfs(pos-1/*从最高位开始枚举*/,/*一系列状态 */,true,true);//刚开始最高位都是有限制并且有前导零的,显然比最高位还要高的一位视为0嘛

39.}

40.int main()41.{

42.ll le,ri;

43.while(~scanf(“%lld%lld”,&le,&ri))44.{

45.//初始化dp数组为-1,这里还有更加优美的优化,后面讲 46.printf(“%lldn”,solve(ri)-solve(le-1));47.} 48.}

注意:

那个if(!limit &&!lead &&dp[pos][state]!=-1)return dp[pos][state];limit 的数字必须要枚举,不能直接返回,每次都要算

虽然这会导致重复,但这可以解决状态冲突,而且重复计算的数字也很少 举例如下:

题目:不能出现连续的11(11、112、211都是不合法的)那么我们开始枚举:

要枚举3位数,已经枚举了两位01_,要枚举最后一位,此时状态为d[0][1] 即:在枚举个位,且前一位为1,那么显然得出d[0][1]=9 开始新的一轮枚举,枚举到11_,此时状态也是d[0][1] 因为已经有9这个值了,所以返回了,但很明显答案是0,是错的 当然可以多开一维防止状态冲突

可以看看数位DP模板题: HDU 2089 不要62 数位DP.二,递推方法

思路来自:初探数位dp

状态定义:d[i][j] 有i位数字,且第一位为j,在 0~j-1 + 000....999的符合题意的个数,如 d[4][3] 就是在 3000~3999 的符合题意的个数

还要个数组a[i]保存第i位的数字,如213,a[1]=3,注意是从右往左数(下面是从1开始数起了)

这样状态定义的能更加方便,可以预处理,因为当一个数字的第一位比题目要求的第一位小后,后面的几位能000..~999..如4269,如果第一位枚举 3 _ _ _,那么后三位可以任取

模板如下:

1.for(int i=1;i<=7;i++)//枚举位数

2.{

3.for(int j=0;j<10;j++)//枚举第i位可能出现的数

4.{

5.for(int k=0;k<10;k++)//枚举第i-1位可能出现的数

6.{

7.if(j!=4&&!(j==6&&k==2))//符合题意的条件

8.dp[i][j] += dp[i-1][k];9.} 10.} 11.}

以HDU 2089,解释怎么算出答案(不含4,62的数字)

1.#include

2.#include 3.#include

4.#include

5.using namespace std;6.int d[10][10],digit[10];

7.//d[i][j] 表示有i位数字,且第一位是j的数字的 满足题意的数量

8.void init()9.{

10.d[0][0]=1;

11.for(int i=1;i<=7;i++)12.for(int j=0;j<=9;j++)13.for(int k=0;k<=9;k++)14.if(j!=4&&!(j==6&&k==2))15.d[i][j]+=d[i-1][k];16.}

17.int solve(int x)// [0,x)

18.{

19.int len=0;20.while(x){

21.digit[++len]=x%10;22.x/=10;23.}

24.digit[len+1]=0;25.int ans=0;

26.for(int i=len;i>=1;i--){

27.for(int j=0;j

28.if(j!=4&&!(j==2&&digit[i+1]==6))29.ans+=d[i][j];30.31.if(digit[i]==4||(digit[i+1]==6&&digit[i]==2))32.break;33.}

34.return ans;35.}

36.int main(int argc, char const *argv[])37.{

38.int n,m;39.init();

40.while(cin>>n>>m,n+m)41.cout<

42.return 0;43.}

假设一个数3229 得出

0000~0999 的个数 1000~1999 的个数 2000~2999 的个数 000~099 的个数 100~199 的个数 00~99 的个数 10~19 的个数 0~8 的个数 累加就是答案了

所以该区间是[0,n)是取不到的n的,注意计算的时候要加一个1

下面是一些题目:

HDU 2089 不要62和4 HDU 3555 含49的数

HDU 3652 含13且可以被13整除

codeforces 55d A 一个数字可以被它所有非零数整除的个数 POJ 3252 Round Numbers HDU 4734 F(x)HDU 3709 Balanced Number HYSBZ 1799 self 同类分布

URAL 1057 Amount of Degrees * HDU 4507 吉哥系列故事——恨7不成妻 *

总结:

可能要用到的数位DP的题目类型:

1~10^18,求某区间(很大),有特定要求的数字的个数 如求mod,求和,可以整除各位数,不出现某些数...框架:

int DFS(intpos,......)//DFS一位一位放数字,求出答案,函数的参数保存题目要求的状态

int solve(int n)//把n一位一位拆分,求出[1,n] 的符合要求的值

难点:定义好状态!

1.dp状态要找好,不要出现状态重叠现象,注意前导0有没有影响

2.题目有求和sum,可能会很大,但可以转化为保存sum对一个数求mod的值 3.有时候dp状态定义不好可能要求每次DFS都要memset一下,换换思路想想通用的状态定义,如sum从加法改为减法

第五篇:IT职业行为优化小结

《IT职业行为优化》课程学习总结

大一开始学习IT职业行为优化,在刚开始的学习中我就对这门课程的学习方式很感兴趣。以小组为学习单位,靠小组内的同学互相协作来完成学习。在学习中多的不是作业,多的而是小组成员间的讨论以及对各项有用资料的收集。为的是完美的完成小组的任务。对此我的收获颇丰,这不但锻炼了我的团队意识同时也让我明白了一种好的职业行为可以决定你在那条职业道路上能走多远。

在第一堂课的学习中我便感受到了这门课程的重要性,对于IT职业道德的理解以及职业行为的优化有着很现实的看法。在大一机房维护组的招新中我有幸的进入机房工作,但是在机房的卫生维护中感到很是头疼。每天到机房要面对的就是同学们留下的零食垃圾和早饭,餐巾纸也是随处可见,这无疑是加重了我们机房维护人员的工作量。在机房门口都有垃圾桶,可每次看见满桌的杂务和空荡荡的垃圾桶,这种悲剧性对比让我心里很不是滋味。这种行为特别需要优化。因为人们生活在职业活动之中,不断受到职业活动和职业道德的影响,又通过自己把它传递到另一个职业或者许许多多职业中去,从而引起多种多样的连锁反应。所以一种良好的职业道德是多么的重要。

从学习中我明白了如何养成良好的职业道德行为。第一要在日常生活中培养,第二要在专业学习中训练,第三在社会实践中体验,第四在自我修养中提高,第五在职业活动中强化。这五步是我在学习后要去经历的。

IT行业是一个日新月异的行业,每时每刻到在产生新的元素.我们将来做这个行业就要有IT人员的基本素养,要有规范化,标准化的代码编写习惯;需求理解能力;要具备复用性,模块化的思维能力;要有经常测试的习惯;要具备学习和总结的能力;同样,高水平的交流能力也非常重要;最后最终要的是做一件事必须要有耐心,有毅力.当一个热病能够意识到自己的责任时,他又在完善自己的道路上迈进了一大步

即将步入社会,我们需要顺应时代要求,把握历史机遇,全面了解行业、了解企业,主动去感受企业文化、适应社会规范,为将来成功就业铺好路基。为此,我们需要加强职业素质培养与训练,用自己的聪明才智和良好的职业素养,去把握职业发展的机遇,为自己今后的职业生涯开拓宽广而通畅的道路。

在学习这门课时,老师让我们做了几个实验来让我们体会将来的路.同时我们将实验写成报告来总结经验,让我学习到了很多.通过“插手实验”,让我懂得了手与脑的分工合作,这样不仅能提高工作效率还能加强工作质量,手与脑分工的明确,会让自己更加的聪颖.通过实验“感受荣誉”,让我了解到的荣誉给予人的一种无与伦比的激励,一个人获得容易能激励一个人的发展,然而,利弊应相当,同样也会使人骄傲,所以有一个正确的荣誉观对于我们的职业生涯非常重要.我们要正确的对待荣誉.注重道德社会价值的整合,创造形成大学生正确荣誉观的社会氛围。亚里士多德说过:“德性是一种习惯”,而习惯的养成是环境熏陶的结果。当前,社会价值取向的多元化和彼

此间的冲突是造成大学生荣誉感淡化的一个重要原因。无视甚至是抹杀这种多元性显然是不现实的,这就要求我们必须积极营造有利于形成大学生正确荣誉观的社会氛围。即坚持一定的道德导向,通过法律和教育等手段使人们知道“应该”做什么,“不应该”做什么;怎样做是“善”的,怎样做是“恶”的,形成一个正确的善恶、荣辱观。

这门课程让我知道了什么叫做职业化,所谓职业化就是一种工作状态的标准化、规范化、制度化,即在合适的时间、合适的地点,用合适的方式,说合适的话,做合适的事。

它让我知道了从事一种职业就要有一个好的职业心理素质,职业心理素质是职业素质的一种,职业素质是指劳动者对社会职业了解与适应能力的一种综合体现,其主要表现在职业兴趣、职业能力及职业情况等方面。

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