分子实验[优秀范文五篇]

第一篇：分子实验

分子生物学实验设计方案

学院： 专业班级： 课程： 实验名称： 组员： 实验日期：

一、实验目的

1、学习与掌握利用ITS序列鉴定真菌的原理；

2、掌握用ITS序列鉴定真菌的方法有步骤。

二、实验原理

1、菌物是真核生物的重要类别，传统的菌物分类以子实体形态特征和生理生化指标为分类基础，由于部分菌物的子实体不易获得，形态特征不易掌握，少数形态特征和生理生化指标随着环境的变化而不稳定，是传统的菌物鉴定工作困难或分类系统意见分歧。内转录间隔区ITS(internal transcribed space), 位于5.8S和18S之间（ITS1）以及5.8S和28SrDNA之间(ITS2)，ITS1和ITS2常被合称为ITS，并且5.8SRNA基因也被包括在ITS之内。近年来，利用真核生物在rDNA的ITS区域既具保守性又在科、属、种水平上均有特异性序列的特性，对ITS区进行PCR扩增、测序。随着核糖体rDNA ITS序列分析技术在菌物研究中的应用，一些分类地位不明确、亲缘关系不清楚的物种通过该技术得到了解决，一些重要的菌物遗传信息得到阐明。

2、ITS（Internal Transcribed Spacer）：内转录间隔区。是真菌核糖体RNA（rRNA）基因非转录区的一部分。用于真菌鉴定的ITS序列通常包括ITS1、5.8 S 和ITS2。真菌ITS 区域长度一般在650 ～750 bp(碱基对)。

ITS（Internal Transcribed Spacer）鉴定是指对ITS序列进行DNA测序，通过将测序得到的ITS序列与已知真菌ITS序列比较，从而获得未知真菌种属信息的一种方法。

ITS鉴定的原理：rDNA 上的5.8、18 和28 SrRNA 基因有极大的保守性, 即存在着广泛的异种同源性。而由于ITS 区不加入成熟核糖体, 所以ITS 片段在进化过程中承受的自然选择压力非常小,因此能容忍更多的变异。在绝大多数的真核生物中表现出了极为广泛的序列多态性, 即使是亲缘关系非常接近的2 个种都能在ITS 序列上表现出差异, 显示最近的进化特征。研究表明,ITS 片段的进化速率是18 S rDNA 的10 倍。这就是ITS 序列在微生物种类鉴定和群落分析的理论基础。ITS1 和ITS2 是中度保守区域, 其保守性基本上表现为种内相对一致, 种间差异比较明显。这种特点使ITS 适合于真菌物种的分子鉴定以及属内物种间或种内差异较明显的菌群间的系统发育关系分析。由于ITS 的序列分析能实质性地反映出属间、种间以及菌株间的碱基对差异, 此外ITS 序列片段较小、易于分析, 目前已被广泛应用于真菌属内不同种间或近似属间的系统发育研究中。ITS 的序列分析还有效地解决Lenti nul a、Suill us、Tuber、Cer at ocystis 和Oi diodendron等真菌应用形态学特征进行分类所引起的纷争, 弥补了传统分类上的一些不足。

ITS 鉴定的方法学：真菌rDNA ITS 序列分析用于真菌系统分类通常通过多聚酶链式反应(PCR)技术实现。rDNA 多复制的特性, 有利于低浓度或被更高度降解的DNA 样品中ITS区域的扩增。这有利于研究尚无任何rDNA 序列资料的生物。根据这些基因上高度保守区段设计出通用引物, 借助PCR 技术扩增rDNA 的目的片段。PCR 技术在真菌分类、鉴定中与直接测序法相结合有很大的优越性[ 14] : ①只需少量的DNA, 每次扩增只需约0.1 ～10 ng;②可对DNA 的2 条链测序, 从而减少错误;③可利用总DNA 的较粗制备品;④适合于自动测序仪进行测序。

三、实验器材

1、真菌总基因组DNA的提取及其纯度、浓度的检测：

1)、仪器： 离心机 离心管 移液枪(200μL、1000μL)枪头 研钵 恒温水浴锅 超净工作台 琼脂糖凝胶电泳系统 一次性手套 凝胶成像系统 紫外分光光度计 2)、材料：真菌 3)、试剂：

(1)、DNA提取液：0.2M Tris-HCl（pH 7.5），0.5M NaCl，0.01M EDTA，1％SDS(2)、3M NaAc(3)、TE：10 mmol/L Tris-HCl pH8.0，1 mmol/L EDTA(4)、酚（pH8.0）:氯仿:异戊醇(25:24:1)(5)、氯仿:异戊醇(24:1)(6)、异丙醇(7)、无水乙醇(8)、75%乙醇

(9)、加入巯基乙醇(10)、RNaseA

2、ITS片段的PCR扩增及其产物电泳检测：

1)、仪器：PCR热循环仪 琼脂糖凝胶电泳系统 移液枪 一次性手套 2)、材料：真菌ITS片段 3)、试剂：

（1）、引物：ITS4：5’-TCC TCC GCT TAT TGA TAT GC-3’(5’端引物)ITS5: 5’-GGA AGT AAA AGT CGT AAC AAG G-3’(3’端引物)（2）、ddH2O(2.5mM)（3）、10×MgCl2 缓冲液（4）、DNA模板（5）、脱氧核糖核酸聚合酶(Taq酶)（6）、50×TAE贮存液（7）、6×加样缓冲液（8）、100bpDNA ladder。(9)、溴酚蓝染料

3、ITS片段测序

1)、仪器：PCR热循环仪 高压电泳仪 测序用电泳槽 制胶设备 吸头、与电泳玻璃相配的染色盘、小指管

2)、材料：ITS片段PCR扩增产物 3)、试剂：

药品： 三羟甲基氨基甲烷（Tris）乙二胺四乙酸(EDTA)硼酸 尿素 丙烯酰胺 N，N’-亚甲基双丙烯酰胺（Bis）过硫酸铵 冰乙酸 碳酸钠（Na2CO3）甲醛 硫代硫酸钠 硝酸银（AgNO3）测序级Taq DNA 聚合酶 4种 d/ddNTP混合液 pGEM-3ZF(+)对照DNA 1μg/μL ITS4/ITS5正向引物 粘合硅烷 硅烷

溶液：

（1）、5×TBE：

Tris 13.5g 硼酸 6.9g EDTA 0.9g 用双蒸水定容至250mL（2）、6%变性聚丙烯酰胺凝胶贮液：

尿素

63.06g

丙烯酰胺

8.5g

N，N’-亚甲基双丙烯酰胺 0.45g 5×TBE 15mL 用双蒸水定容至150mL（用普通滤纸过滤后使用）。

4、BLAST比对、鉴定属、种：

仪器：电脑及携带BLAST程序（基本局部相似性比对搜索工具）

5、进化树的绘制

仪器：电脑及携带MEGA软件（分子进化遗传分析）

四、实验内容及步骤

(一)、实验内容：

1、大量真菌的准备;

2、真菌总基因组DNA的提取；

3、真菌基因组DNA纯度、浓度的检测；

4、ITS片段的PCR扩增；

5、ITS片段的PCR扩增产物电泳检测；

6、ITS片段测序；

7、BLAST比对、鉴定属、种。

(二)、实验步骤：

1、真菌总基因组DNA的提取及其纯度、浓度的检测：（1）、准备大量的真菌，然后去1g真菌，在液氮中迅速研磨成粉。

（2）、2%CTAB抽提缓冲液在65℃水浴中预热；

(3)、在1.5mL离心管中加入65℃预热的抽提液700μL。(4)、加入巯基乙醇50μL，上下震荡，使蛋白质变性沉淀，65℃水浴40min，每隔10min振荡混匀一次。

(5)、加入等体积（约750μL）的氯仿/异戊醇(24/1)混匀，除去蛋白质，4℃平衡离心，10000rpm，10min。(6)、取上清（约750μL）到1.5mL离心管中，加1/5体积（约150μL）65℃预热的CTAB/NaCl混匀，加入600μL的氯仿/异戊醇(24/1)混匀，4℃平衡离心，10000rpm，10min。

(7)、取上清，加等体积（约750μL）的CTAB沉淀液，颠倒混匀。65℃水浴30min至沉淀可见。4℃平衡离心，10000 rpm，10min后小心去上清。

(8)、沉淀用TE（0.5mL）溶解，加入等体积（约0.5mL）的酚/氯仿/异戊醇(25:24:1)抽提，4℃平衡离心，10000rpm，10min。

(9)、取上清加入2倍体积的无水乙醇（1mL），再加入1/10体积的NaAC（pH 5.2）约0.1mL。(10)、-20℃冰箱1h，4℃平衡离心，12000rpm，10min，弃上清，用70%酒精清洗2次，滤纸吸去多余水分，超净台吹干。

(11)、0.05mL TE溶解，加入5μLRNA酶液37℃放置30min；(12)、吸取适量样品于紫外分光光度计上检测浓度与纯度；(13)、剩余的样品置于-20℃保存待用。

2、ITS片段的PCR扩增及其产物电泳检测

ITS4：5’-TCC TCC GCT TAT TGA TAT GC-3’ ITS5: 5’-GGA AGT AAA AGT CGT AAC AAG G-3’

1)、PCR Amplification reaction system（PCR扩增反应体系）（50μl）ddH2O 38.5μl 10×buffer with MgCl2(MgCl2 缓冲液)5.0μl dNTPs(2.5mM)1.0μl Primer5’（5’端引物）2.0μl Primer3’（3’端引物）2.0μl DNA template（DNA模板）1.0μl Taq DNA polymerase(脱氧核糖核酸聚合酶)(5U/μl)0.5μl

2)、反应程序如下：

（1）94℃ for 5 minutes denaturalization（94℃预变性5min）（2）94℃ for 45 seconds denaturation（94℃变性45s）（3）52℃ for 45 seconds annealing(52℃退火45s)（4）72℃ for 1min30sec extension（72℃延伸90s）重复步骤(2)-(4)30次

（5）72℃ for 10 minutes final extension（72℃最后一次延伸 10min）大概500bp左右

3)、取5μl进行琼脂糖凝胶电泳检测，其余-20℃保存：

(1)、琼脂糖凝胶：将50×TAE贮存液用蒸馏水稀释成1×TEA电泳缓冲液，待用，按1%称取适量琼脂糖置于250mL锥形瓶中，加入对应量1×TEA稀释缓冲液，盖上封口膜，以减少水分蒸发，放入微波炉里加热沸腾，取出摇匀，使瓶壁上粘附的琼脂糖全部溶解，反复3次，至琼脂糖全部溶化，放置，待其稍冷却。

(2)、胶板的制备：将制胶槽置于水平支持物上，选择合适厚度和齿数的样品梳，插上梳子。向冷却至50-60℃的琼脂糖凝胶液中加入溴化乙锭(EB)溶液数滴，摇匀，小心地倒入制胶槽内，使胶液形成均匀的胶层。待胶完全凝固后，小心拔出梳子，将胶块取出，至于已加入足量1×TEA电泳缓冲液的电泳槽内。

(4)、加样：取5μl样品与2μl 6×加样缓冲液混匀，用微量移液枪小心加样品槽中，在第一个孔或最后一个上样孔内加入5μl的100bpDNA ladder。

(5)、电泳：接通电泳槽与电泳仪的电源，以5V/cm(约100V)电泳，当溴酚蓝染料移动到距凝胶前沿1-2cm处，停止电泳。

(6)、成像：戴上一次性手套，在波长为254nm的紫外灯下观察胶块，DNA存在处显示出肉眼可辨的桔红色荧光条带，用凝胶成像系统照相。

3、ITS片段测序

（一）测序反应：

1.对于每组测序反应，标记四个0.5ml eppendorf管(G、A、T、C)。每管加入2ml适当的d/ddNTP混合物(d/ddNTP Mix)。各加入1滴(约20ml)石蜡油，盖上盖子保存于冰上或4℃备用。

2.对于每组四个测序反应,在一个eppendorf管中混合以下试剂：

（1）样品反应：

质粒模板DNA 2.1pmol 5×测序缓冲液 5ml 引物 4.5pmol 无菌ddH2O 至终体积 16ml

（2）对照反应

pGEM-3Zf(+)对照DNA(4mg)4.0ml

5×测序缓冲液 5ml

ITS4/ITS5正向引物(4.5pmol)3.6ml

无菌ddH2 O 至终体积 16 ml

3.在引物/模板混合物(以上第2步)中加入1.0ml测序级Taq DNA聚合酶(5u/ml)。用吸液器吸动几次混匀。

4.从第3步的酶/引物/模板混合物中吸取4ml加入每一个d/ddNTP混合物的管内。

5.在微量离心机中离心一下，使所有的溶液位于eppendorf管底部。

6.把G、A、T、C 4个反应管放入预热至95℃的热循环仪，先经过95℃ 2min，然后进入如下循环：

95℃ 30s 变性 42℃ 30s 退火 70℃ 1min 延伸 45-60个循环后，取出置于冰箱中

7.热循环程序完成后，在每个小管内加入3μl DNA测序终止溶液，在微量离心机中略一旋转，终止反应。

（二）、测序凝胶板的制备

1、玻璃板的处理：

（1）短玻璃板的处理

A.在1ml 95%乙醇, 0.5%冰乙酸中加入5ml粘合硅烷(Bind Silane), 配成新鲜的粘合溶液。

B.用经浸透新配的粘合溶液浸透的吸水棉纸擦拭仔细清洗过并已经自然干燥的玻璃板, 整个板面都必须擦拭。

C.4-5分钟后, 用95%乙醇单向擦玻璃板, 然后略用力沿垂直方向擦拭。重复三次这一清洗过程, 每次均须换用干净的纸, 除去多余的粘合溶液。

2、长版处理（换双橡胶手套）

(1)、用浸透硅烷的吸水纸仔细擦边玻璃板表面。

(2)、5-10min后，用浸透95%乙醇的干净吸水纸轻轻擦去多余硅烷(硅烷不能过量，否则影响印染效果)。(3)、用0.4mm边条装配好，再用胶带粘好，用夹子夹好以防渗漏。

(4)、将板呈40°角倾斜，按下面的比例直接混合溶液，然后用烧杯直接灌胶，或用50mL注射器注入，避免出现气泡（气泡出现，可敲击玻璃板，使之排出）。

6%变性聚丙烯酰胺凝胶贮液90mL，四甲基乙二胺(TEMED)60μL，过硫酸胺90μL。灌满后将鲨鱼梳子背面插入液面5-6mm，将板放置20°角使之聚合。在室温中约20min内聚合（注意底部不要边条，直接用胶带封，否则边条不易取出）。

3、测区产物凝胶电泳（凝胶灌制后2-24h后均可获得良好结果）

(1)、去掉凝胶两边和底部胶带纸，拔下鲨鱼齿梳并转过来用尖齿插入凝胶约1mm。将凝胶板安装到电泳仪上，在电极上、下槽都倒入1×TBE电泳缓冲液，用吸管吹洗掉梳齿形成加样孔中残留的尿素，并去掉气泡。

接稳定电源，40cm胶以1300V预电泳20-30min，是凝胶加热到60℃左右。

(2)、将G、A、T、C 4个小管，各加入3μLDNA测序反应终止液，置于沸水中煮沸2min迅速插入冰中，上样前，短暂离心混匀。(3)、关闭电源，上样4μL。

(4)、上样后，继续电泳，直至二甲苯蓝染料距离玻璃板底部2cm时，终止电泳。

4、DNA测序凝胶的银染法处理

(1)、玻璃板的分离： 电泳结束后，小心揭开玻璃板，凝胶应牢牢黏附在短板上。

(2)、凝胶的固定： 将凝胶连同放入磁盘中，加入固定液，注意要没过凝胶，放置20min直至溴酚蓝和二甲苯蓝的颜色消失。缓缓水平摇动。固定液可回收做定影液。(3)、洗胶： 用双蒸水漂洗凝胶3次，每次2min。漂洗时轻轻摇动，每次前都将胶沥干10-20s。(4)、凝胶的染色： 加入染色液缓缓摇动染色30min（25min后可在另一瓷盘中备好显影液，同时要预冷到10℃）。

(5)、凝胶的漂洗： 由于这一步非常关键，所以操作一定要非常快。将染色液倒入一个容器内，将瓷盘用双蒸水涮一下，然后倒入3L双蒸水，将凝胶浸入，然后将凝胶立即放入准备好的预冷显影液中（从胶浸入双蒸水到放入显影液 不能超过5-10s，如超过则重复（4）（5）步）。

(6)、凝胶的显影： 缓缓摇动，直到凝胶上显条带，一般为5-6min，时间不要过长，否则背景会过深（边摇动，边观察，棕褐色条带到一定强度后，马上终止）。

(7)、终止显影： 将等体积定影液直接加入显影液，缓缓摇动2-3min（时间过长会使染色变淡）。

(8)、凝胶的漂洗： 用双蒸水漂洗2次，每次2min。(9)、将凝胶放在空气中干燥，识读序列。

4、BLAST比对、鉴定属、种

5、进化树的绘制

第二篇：分子实验学习总结——郁娟娟

DNAstar：序列拼接 MEGA：分析碱基组成 CLUSTAL：序列比对 PAUP：跑树 DABE：饱和性分析

总思路：序列拼接-比对-

四、下载序列的方法

打开.Fasta格式的序列-File export-sequance alignment-保存 在NCBI上找到相应的序列方法：

Search Nucleotide

for 文章的genibank序列号-reports-复制序列到txt文件中，删除没用的东西，只留下序列和学名。保存成txt文件后，打开Editseq-将,txt序列复制到其中-save保存为seq格式

五、将拼接序列翻译成蛋白质方法

打开拼接的序列-全选中-Goodies-translate DNA

2、如何计算碱基含量比值、答：MEGA-Nucleotide Composition

六、DAMBE序列饱和性分析

序列的饱和性分析在DAMBE程序中，以转换、颠换数为纵轴，以TN93模型（Tamura and Nei, 1993）校正的距离为横轴做散点图。如果这些点随序列间分歧增大呈线性分布就说明序列间替换没有达到饱和，序列可以用于后续的系统发育分析。DAMBE还长用在单倍型的归纳、基因频率和碱基组成分析、遗传距离计算、序列排序、5.2.2碱基替换饱和效应的检验

当核苷酸序列分歧较小时，序列之间被观察到的核苷酸差异数接近实际替换数。如果序列分歧较大，DNA序列的变异可能会受到饱和效应的影响，这时观察到的碱基差异可能包含了部分进化杂音。一般说来，碱基转换发生的频率高于颠换，但是随物种分歧程度的增加，转换/颠换的比率接近或小于1，说明转换可能已经趋于饱和并可能成为进化杂音，所以转换和颠换发生的频率与序列间分歧度的关系就可以反映出碱基替换是否受饱和效应的影响。在着手构建分子系统树前，为了排除这种进化杂音获取正确的进化信息，必须对目的片段的碱基替换是否受到饱和效应的影响进行检验。

用 DAMBE（Xia，2000）分别对四个mtDNA片段的碱基替换模式进行检测，以此估计所研究mtDNA片段的碱基替换是否受到饱和效应的影响。

打开DAMBE-FILE-Open standard sequence file-类型unknown-打开

proteincoding

and

nuc.seq-invMtdna-trains-table

versis

advance –go-graphics-trainsition tranversion –tn93-g0-graphstyle-curve only-保存.bmp

问题

1、如何计算密码子的不同位上碱基变化，转换颠换比值

2、如何进行序列的饱和性分析

序列的饱和性分析在DAMBE程序中，以转换、颠换数为纵轴，以TN93模型（Tamura & Nei, 1993）校正的距离为横轴做散点图。如果这些点随序列间分歧增大呈线性分布就说明序列间替换没有达到饱和，序列可以用于后续的系统发育分析。

3、如何看用Editseq检验拼接后的序列是否能正确翻译为蛋白质

4、如何计算遗传距离（DAMBE）

一、DNAstar：序列拼接

在序列的拼接时，修改红色和小写字母的碱基 具体步骤：

1、2、ABI文件包括图形和序列、SEQ文件只有序列没有图。DNAstar—seqman—File—NEW，把序列都放近去，有两个正向，俩个反向的序列—Time ends—LOW—SEAN ALL-ASSEMBLE –出现contig 打开-双击contig_@_核对-contig-save consenus-single file-保存位置-sequce-add-选择保存到的位置-点序列名字-add-双击-拼接完关闭。3、4、5、原始序列和拼接的序列各保存在一个文件夹内。EDIT-GOODIES-TRALS 翻译成蛋白质。‘

从ncbi上下载相关的序列和测得的序列保存在一个文件夹内，把前面的内容都删除，保留种名。加〉符号-保存

二、序列的比对

6、先切齐序列：用Seqman-sequence-add-skip-把所有的序列加进去进行删除，使序列整齐。-contig双击,将序列切齐，再复制到一个新建的文本文档。

7、切齐后保存方式：contig-export sequences-multiple files=set location-file-保存切齐

8、当在切齐的序列中发现反向序列要改正：用editseq打开序列-select all –goodies-reserse complement-全选粘贴到文本文档中，目的是比对。

三、构建NJ树方法(MEGA)

1、将TXT格式保存为nexus和clustal格式（生成alndndnxs）CLUSTAR-进行比对-FILE-LOAD SEQUENCE-打开新建的文本文档txt-加入进去后-aligment-do complete Alignment-File-Save sequence as –format-custal-ok-File-Save sequence as –format-NEXUS最后保存为nexus和clustal格式，NEXUS是PAUP格式-关闭clustal.2、点击MEGA-File-open data-.aln文件-打开-ok-点击向下的绿色图标MEGA-File-open data-切齐序列,meg-ok-yes-inverttebrate-ok-ok-删除最后没用的东西-保存-切齐序列,meg-

3、点击Mitochondrial-ok-

4、phylogency-construct phylogency-NJ树-none改成bootstrap-k 2p-compute-保存（image-EMF）

5、使用Mega 2.0分析序列间的p-distance, 即两两序列间的核酸差异比例，分析序列变异情况 方法1：

Distance-compute pairwise-distance only改为std err-compute 方法2：

pattern-compute composition distance

三、构建MP树方法

1、MrBays，目的是转化为.nex文件步骤为：

用bioedit将.txt文件比对转换成.nex文件格式

方法：打开BioEdit，将.txt文件打开-Accessory application-clustal multiple alignment-File-export-sequence Aligment-选paup/nex命令.nex-保存-把.nex begin 前面的都删除。File-open-切齐序列.txt-accessory appliacation-clustal multiple aligment-file-expore-sequence aligment-选paup/nenu命名.nex-保存

2、在.nex中加命令模板

;end;begin paup;log file=coimp;set maxtrees=1000;set criterion=parsimony;hsearch addseq=random nreps=1000;showtrees;describetrees 1/plot=phylogram brlens=yes;savetrees file=coi(mp).tre root=yes brlens=yes;contree all/file=coi.tre;pscore all/CI=yes RI=yes RC=yes;bootstrap

nreps=1000 search=heuristic/addseq=random nreps=100;savetrees file=coi(mpb).tre root=yes;END;

2、打开paup-打开1.nex-open –开始跑树

3、用treeview 打开.tree树。

keepall=yes

MrBays建树

1、用bioedit将.txt文件比对转换成.nex文件格式

方法：打开BioEdit，将.txt文件打开-Accessory application-clustal multiple alignment-File-export-sequence Aligment-选paup/nex命令.nex-保存-把.nex begin 前面的都删除。

File-open-切齐序列.txt-accessory appliacation-clustal multiple aligment-file-expore-sequence aligment-选paup/nenu命名.nex-保存2、3、用paup运行.nex文件

接着继续用paup打开modeltest3.7 文件夹中的model paupblock命令-运行结束后，在modeltest 的modelfolder中生成一文件名为”model.scores”文件。

4、运行modeltest批处理文件，生成一文件名为”mt.txt”文件，则为最适合的模型文件

5、将最适模型文件中的参数(hLRTs)拷贝到.nex文件后，加入贝叶斯运行命令，并改正.ne格式等。删除前后没用的，改正外群名字等。只能用一个外群。

begin mrbayes;log start filename=coibayes.log;outgroup Cinara;Prset statefreqpr=dirichlet(0.3321,0.1058,0.1271,0.435);Lset nst=6 rates=gamma;mcmc ngen=1000000 printfreq=100 nchains=4 savebrlens=yes startingtree=random;end;

6、将加好命令的.nex文件拷贝到MrBayes文件夹所在路径内，运行人头的MrBayes , 输入execute.文件名.net,回车。

7、8、输入 sump burnin=1000回车 输入 sumt burnin=1000回车

9、运算完毕后点击close 弹出一对话框，输入命令语句“ save tree file＝文件名.tre；”回车。

菜单栏Tree中的Show internal edge labels 即可显示各结点的bootstrap值。

9、生成的.con，用treeview打开

注意：贝叶斯树只能用一个外群。建设一个新文件夹，将.scores、mt.txt、txt、nex文件都放到一个文件夹内。

ML建树

方法同MrBays相似。预测模型利用贝叶斯得到的模型。把ML命令模板拷贝到.nex，把log file改成自己的名(=coiML)，外群也改(Daktulosphaira_vitifoliae Cinara_edulis C_arizonica);-把最适模型lset base---likhood下面savetree file=coi savetrees file=coin(mb)Lset Base=(0.3365 0.0976 0.1280)Nst=6 Rmat=(26794342.0000 8028280.5000 10365153.0000 1.4084 255543472.0000)Rates=equal Pinvar=0.7355;–生成的.nex.con文件-treeview打开。

注意：外群要写成Cinara_edulis形式，可以有多个外群。打开方式和mp树一致。

戴传银笔记 PAUP NJ tree begin paup;outgroup outgroupname;setcriterion=distance;bootstrap search=nj nreps=1000 keepall;savetrees file=nj.tre;end;

PAUP MP TREE begin paup;outgroup outgroupname;setcriterion=parsimony;hsearch addseq=simple(random)bootstrap nreps=1000;describetrees 1/plot=phylogram brlens=yes;savetrees from=1 to=1000;end;

PAUP ML TREE begin paup;outgroup outgroupname;setcriterion=likelihood;gettrees file=xxx.tre;(xxx modeltest文件保存的树的名称)hsearch addseq=asis bootstrap nreps=1000;savetrees file=ml.tre;end;

MEGA3.1分析其核酸组成

1、打开MEGA，点击“File”中的“Open Data”打开“COI.aln”文件，点击绿色箭头－“Convert to Mega format”快捷键，出一把COI.aln转换成Mega格式的对话框，点击OK，即转换成COI的Mega file，保存。

2、用Mega 打开该文件。选Data Type。Protein－coding nucleotide sequence data？Yes。Select genetic Code。程序自行计算。

3、点击TA图标，出现Sequence Data Explorer C：Conserved sites 291/660,分母613是总位点数 V：Variable sites 352/660 P: Parsimony-informative sites 26/660 N: Nonparsimony-informative sites 352-26＝326。

4、Mega-File-open

date-运

算

-sequence

Data Explorer-write data to file-title-写名字.nex 注意：序列一定要正确，不能是反向的！！！

5、打开paup-打开1.nex-open –开始跑树

6、Bootstrap 值检验及树的保存

输入命令“bootstrap nreps＝1000 keepall＝yes search＝heuristic/addseq＝random nreps＝100；”点击回车键，程序开始运算。运算完毕后点击close 弹出一对话框，输入命令语句“ save tree file＝文件名.tre；”回车。

菜单栏Tree中的Show internal edge labels 即可显示各结点的bootstrap值。

7、用treeview 打开.tree树。

阿征笔记 begin paup;set autoclose=yes notifybeep=yes;log file=log.txt;outgroup A00;set root=outgroup outroot=monophyl;set criterion=parsimony;hsearch chuckscore=1;savetrees format=nexus brlens=yes append=yes file=mp.tre root=yes;contree

all/file=mp(contree).tre

strict=no

addseq=random

nreps=500

nchuck=5 majrule=yes percent=50 le50=yes;bootstrap nreps=1000 conlevel=50 keepall=no search=heuristic/addseq=random nreps=100;savetrees

file=mp(bootstrap).tre

root=yes brlens=yes savebootp=both from=1 to=1000;end;征征 20:31:57 我每次都是先写到contree那一步，然后在里面敲命令，后两条分别

征征 20:32:13 begin paup;set autoclose=yes notifybeep=yes;log file=log.txt;outgroup A00;set root=outgroup outroot=monophyl;set criterion=parsimony;hsearch chuckscore=1;savetrees format=nexus brlens=yes append=yes file=mp.tre root=yes;contree

all/file=mp(contree).tre

strict=no

addseq=random

nreps=500

nchuck=5 majrule=yes percent=50 le50=yes;end;征征 20:32:25 然后bootstrap nreps=1000 conlevel=50 keepall=no search=heuristic/addseq=random nreps=100;征征 20:32:36 跑完后 savetrees file=mp(bootstrap).tre root=yes brlens=yes savebootp=both from=1 to=1000;征征 20:32:54 保存一个有bootstrap的树 征征 20:33:35 再给你个阿荣给我的 征征 20:33:42

set autoclose=yes criterion=parsimony notifybeep=yes;log file=...;Hsearch addseq=random

nreps=100

start=stepwise savereps=yes randomize=addseq rstatus=yes hold=1 swap=tbr multrees=yes;savetrees format=nexus brlens=yes append=yes file=...;contree all/strict=no majrule=yes percent=50 le50=yes;bootstrap nreps=1000

conlevel=50

keepall=yes search=heuristic/addseq=random nreps=10;征征 20:34:16 对了，我的outroot=monophyl;你们分子不是monophyl

PAUP软件使用简要说明

1.数据输入格式

将需要分析的一组DNA数据经Clustal软件比对分析后，将其比对结果的*.aln文件用Mega软件打开并转换为Mega格式（File-〉Convert To Mega Format），转换结果会以*.meg文件存在与*.aln同一目录下，再用DNAsp软件将*.meg文件转换为PAUP格式（File-〉Save/Export Date As，以NEXUS File Format保存）即可。

2.MP法分析

先启动PAUP软件，选择相应数据文件，然后在命令行内依次键入

outgroup_外群名 回车

Bootstrap_nreps=1000_keepall 回车

Describetree 回车

Savetrees_from=1 to=1000 回车

3.NJ法分析

先启动PAUP软件，选择相应数据文件，然后在命令行内依次键入

outgroup_外群名 回车

Set_criterion=distance 回车

Bootstrap_search=nj_nreps=1000_keepall 回车

contree 回车

Savetrees_from=1_to=1000 回车

4.ML法分析

先启动PAUP软件，选择相应数据文件，然后在命令行内依次键入

outgroup_外群名 回车

Set_criterion=likelihood 回车

Bootstrap_nreps=100_keepall 回车

contree 回车

Savetrees_from=1_to=100 回车

注：外群名指的是分析数据中外群的代号；

下划线“_”表示键入一个空格；

结果以*.tre格式存在分析数据的同一文件夹内，用Treeview软件打开。

郁娟娟总结

一 Seqman 用来Assemble ,改错后保存成Seq.Seqman 将所有的序列打开，将反方向的用Editseq转换过来。

二 Editseq 打开所有的Seq序列——export as one----fas格式 三 Mega 打开fas格式文件——Alignment---alignment by clustle

第三篇：验证分子间有间隙实验改进

验证分子间有间隙实验改进

龚繁李跃春

(湖南师范大学化学化工学院 长沙 410081)

摘要：在同一容器中，先后加入二种不同液体至满,密封容器振荡,通过对比实验前后容器中溶液液面的高低情况来说明分子之间存在间隙，增强了实验的说服力,让学生直观的感受到微观世界里分子构成物质的特点。

关键字：分子间隙;实验改进;对比实验

1、引言：

在人教版新课标九年级化学上册第三单元课题二中，课本为了证明分子间存在间隙给学生设计了一个家庭小实验，将100ml水与100ml酒精混合，所得体积小于200ml以此证明分子间存在间隙。该实验存在三点缺陷：（1）酒精用量大，浪费药品（2）液面下降不明显，影响演示效果（3）在用量筒移取水和酒精时，会有部分液体残留在量筒壁上，导致实验口结果说服力不强。（4）操作较复杂，要两次量筒读数。为了解决这些问题，我们采用在同一容器中，先后加入二种不同液体至满,密封容器振荡,对比实验前后容器中溶液液面的高低的方法来做该实验。又取得了较好的效果。

2、实验部分

2.1实验目的(1)让学生初步认识物质是由微粒构成的，构成物质的微粒之间存在间隙

(2)构成不同物质的微粒性质不同、微粒大小也不同。

2.2实验原理：

分子之间存在间隙且分子总是做不停地无规则运动。将水和酒精充满容量瓶，混合均匀后，若液面发生下降，则可验证分子间存在间隙。

2.3实验用品：

100ml容量瓶1只、100ml烧杯2只、餐纸、保鲜膜、棉线一根、无水酒精、纯净水、品红溶液。

2.4实验装置：

联系人：龚繁Email：879440991@qq.comTell：1511637622

5保鲜膜

图一分子间有间隙实验装置图

在相同的两个烧杯中分别加入100ml的水和50ml的酒精，将装有水的烧杯中滴加几滴品红溶液至烧杯中的水呈红色。撕一小块保鲜膜待用

2.5实验步骤：

2.5.1方案一：

(1)打开容量瓶，用小烧杯移取70ml已滴加了品红溶液的水于容量瓶中。

(2)用小烧杯移取酒精于容量瓶中直至容量瓶满。

(3)塞上容量瓶塞，有液体溢出，用餐纸擦干。倒置容量瓶几次，使液体充分混合，观察液面下降情况。

2.5.1.1实验结果：

液面下降1.5cm左右，实验现象非常明显

2.5.1.2实验总结：

优点：

(1)酒精用量少，该实验只需耗费30ml左右的酒精

(2)滴入品红溶液的水呈红色，可明显观察到在容量瓶倒置前，容量瓶中液体分层，上层无色，下层红色。而倒置后溶液呈均匀红色。

(3)倒置前容量瓶充满液体，排除了会有部分液体残留在容量瓶上导致的误差。

(4)实验现象明显，混合后液面下降1.5cm左右

(5)实验操作简单，实验用品少

缺点：将充满的容量瓶塞上容量瓶塞会有液体溢出，这个操作不规范。

2.5.2方案二：

(1)打开容量瓶，用小烧杯移取70ml已滴加了品红溶液的水于容量瓶中。

(2)用小烧杯移取酒精于容量瓶中直至容量瓶满。

(3)用保鲜膜迅速包裹容量瓶，然后将保鲜膜用细线捆紧。用手掌压住容量瓶口，倒置容量瓶几次，使液体充分混合，观察液面下降情况。

2.5.2.1实验结果：

液面下降1cm左右，实验现象非常明显。用无水硫酸铜检验容量瓶外壁，并无液体溢出。

2.5.2.2实验总结：

优点：

(1)酒精用量少，该实验只需耗费30ml左右的酒精

(2)滴入品红溶液的水呈红色，可明显观察到在容量瓶倒置前，容量瓶中液体分层，上层无色，下层红色。而倒置后溶液呈均匀红色。

(3)倒置前容量瓶充满液体，排除了会有部分液体残留在容量瓶上导致的误差。

(4)实验现象明显，混合后液面下降1cm左右

(5)实验操作简单，实验用品少

(6)方案二很好的解决了方案一的缺陷，且实验效果好。

3、小结

本实验根据学生的认知结构，以学生已有的知识水平为基础，利用实验室及生活中常用品对课本实验进行了改进。该改进实验体现了新课标要求下的科学性、可行性、安全性及简约性四大原则。

(1)科学性：该实验原理、方法、操作科学合理，现象明显，符合学生认知结构；

(2)可行性：所选试剂和仪器设备均为实验室常见试剂和仪器以及常用生活用品，中学现有条件均可满足，实验所需时间短（约1.5分钟）适合在课堂演示；

(3)安全性：该实验所选试剂和药品均无毒

(4)简约性：实验操作简单，只需观察容量瓶中溶液液面的下降即可。

让学生借助直接的观察推出分子间存在间隙，且该实验排除了课本实验中不严谨的地方，不易使学生的思维产生疑惑。从而达到课堂演示的效果。参考文献：

王桂华.验证分子间隙实验的改进，教学仪器与实验，2006年第08期 王春云.分子间有间隙实验的改进，物理实验，1996年第16卷第6期251页

第四篇：分子模拟作业

期末课程考核

《分子模拟方法与应用》课程心得体会

很高兴能学习《分子模拟方法与应用》这门课程,使我们接触并慢慢了解了一门全新的课程。因为大学本科为生物科学专业，比较偏向于生物机体特征理论学习，硕士也是生物工程，一直对分子模拟中的量子力学、分子力学、计算机软件模拟等没有接触过，有幸选修这门课程，才得已拓宽自己的视野，涉猎物理、化学专业领域。

在上课初期，因为分子模拟与自己专业有点距离，所以接触起来比较困难，但四位老师在此领域有比较深入的研究，讲课清晰有条理，循序渐进，课堂气氛也比较活跃，大家可以任意和老师讨论不懂得问题，交流学习心得，慢慢对课程有了比较深入的了解。

我的硕士研究课题为生物分子方面，通过构建多酶复合体大分子构建一种底物通道，而构建多酶复合体过程中，需要用一种非水解作用的支架将酶连接起来，形成一种分子复合物。若能用分子模拟的知识用软件将需要构建的分子模拟预测，形成一个比较直观的印象，则在真正实验过程中将会事半功倍。下面就是我通过上课听老师讲解，以及查阅《分子模拟基础》、《分子模拟理论与实践》在此专业领域的心得。

老师提到，分子模拟方法可以计算复杂庞大分子的稳定构象，热力学性质及广辟振动。从化学方面来讲，化学就其物质的根本组成来讲，是有电子及其原子核构成的，分子结构决定了分子性质。而量子力学与结构化学的出现，使化学研究由宏观进入微观。运用分子的结构及其原子核周围电子的运动来解释和理解物质的物理和化学性质，在量子力学的基础上发展起来的量子化学及其相关计算为我们开辟了通向微观世界的一条途径，过去只能在实验室通过化学反应和仪器设备来了解物质的结构和反映，现在通过理论化学和计算机化学计算就能了解各种化学反应变化，或预测某些分子的几何空间构型。分子模拟就是利用理论方法（模拟分子结构）去实现以往用实验才能证明的东西（性质）。

一．分子模拟的初步认识

四位老师学识渊博，专业基础坚固，首先给我们讲解了分子模拟的入门知识，1

期末课程考核

分子模拟的层次，包括量子力学和分子力学以及分子动力学，然后通过查阅资料分子模拟的概念有了更清晰的认识。分子模拟是用于模拟分子或分子体系性质，定位于表述和处理基于三维结构的分子结构和性质。

分子模拟涉及量子力学、分子力学、理论化学、计算化学、计算机化学,根据基本原理的不同，分子模拟主要有量子力学模型和分子力学模型两类。量子力学研究电子运动状态，用波函数表示，运用解薛定谔方程；分子力学模型考虑核运动状态，电子运动作运动假设，用质点运动轨迹表示，运用解力学方程（经典牛顿力学方程）。

通过查阅资料可知，通过分子模拟可更全面的了解分子的性质，预测尚未合成的的化合物的性质以及最终目的的设计。分子模拟的主要优势在于可以降低实验成本、具有较高的安全性、实现通常条件下较难或无法进行的实验（例如：超低温，低于-100℃；超高压，高于100Mpa）、研究极快速的反应和变化等。

二．上课主要内容

1.量子力学与分子力学（由任老师主要讲解）

任老师以独特活跃的课堂教学首先给我们讲解分子模拟的知识，任老师不是古板教学，风趣幽默、课堂气氛活跃，主要给我们讲解了量子力学方面的内容，还有介绍了分子模拟的层次：量子力学、分子力学和分子动力学。所以我们对分子模拟有了初步的了解。量子力学

任老师讲解中提到量子力学的分子模拟层次为电子、分子轨道,而分子力学的层次是原子。描述微观粒子运动状态的普遍规律是量子力学，在量子力学方法里，一切电子的运动状态都是用其波函数来表示。计算机技术的迅速发展使量子力学原理得以广泛应用，几乎关于分子的一切性质，都可以用量子力学计算来解决，将量子力学中的公式定义算法等编制成计算机程序，用来解决和解释化学中的问题，就形成了量子化学计算。量子力学的基本定律是波函数所满足的偏微分方程，是利用波函数来研究微观粒子的运动规律的一个物理学分支学科，它以分子中电子的非定域化为基础，一切电子的行为以其波函数表示。根据海森伯的测不准原理，量子力学可计算区间内电子出现的概率，其概率正比于波函数绝对值的平方，而欲得到电子的波函数，则需解薛定谔方程式（）。量子力

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学模型用电子结构理论进行相关计算，电子结构理论的任务为解薛定谔方程式，采用量子化学方法对分子进行处理。随着量子力学理论的逐步完善以及计算机的普及和计算速度、计算量的不断提升，分子模拟的理论和方法得到了快速的发展，在化学化工、材料科学、医药科学、生命科学等诸多领域发挥着越来越重要的作用。分子力学

任老师在理论化学与物理化学背景下给我们介绍了分子、量子力学的基础概论，分子力学方法（molecular mechanics ,MM）是依据经典力学的计算方法，此种方法主要根据分子力场计算分子的各种特性，依照波恩-奥本海默近似原理，计算中将电子的运动忽略，而将系统的能量视为原子核位置的函数。分子立场含有许多参数，这些参数可经由量子力学或试验方法得到。利用分子力学方法可计算庞大与复杂分子的稳定构像，热力学特性及振动光谱的资料，与量子力学相较，此方法要简便多。某些情形下，由分子力学方法得到的结果几乎与高阶子力学方法所得的结果一致，但所计算的时间却小于量子力学的计算。分子力学方法常被用于药物，团簇体，生化大分子的研究。2.Materials Studio分子模拟软件（由张老师讲解）

张老师教学循序渐进，条理清晰，以简单的例子具体讲解了MS软件在分子模拟的实际操作，其中涉及了键能.键角对构想的影响，形象明确。张老师给我们讲解运用虚拟实验讲解分子模拟理论基础，可以侧性能，算参数。MS能方便地建立3D分子模型, 深入分析有机晶体、无机晶体、无定形材料以及聚合物, 可以在催化剂、聚合物、固体化学、结晶学、晶粉衍射以及材料特性等材料科学研究领域。

MS在高分子材料中的应用计算机模拟已经应用在高分子科学的各个方面, 包括模拟高分子溶液、表面和薄膜、非晶态、晶态、液晶态、共混体、嵌段共聚体、界面、生物聚合物、高分子中的局部运动、液晶高分子的流变学、力学性质和电活性等。

3.蒙地卡罗计算方法（Monte Carlo method）（由邓老师讲解）

邓老师主要针对分子模拟中的MC对我们进行了简单介绍，没有很深入的讲解，所以比较易懂。并且邓老师作为年轻教师亲切和蔼，讲课认真投入，课堂气 3

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氛很好，由此，我们对蒙地卡罗模拟有了比较基础的认识。

蒙地卡罗计算方法为最早针对庞大系统所采用的非量子计算方法,即MC计算法。蒙地卡罗计算法借由系统中质点（原子或分子）的随机运动，结合统计力学的概率分配原理来得到体系的统计及热力学资料，即根据待求问题的变化规律，构造合适的概率模型，然后进行大量统计实验，使模型的某些统计参量正好是待求问题的解。此种方法多用于研究复杂体系及金属结构及其相变化性质。其弱点在于只能计算统计的平均值，无法得到系统的动态信息，并且利用“随机数”对模型系统进行模拟以产生数值形式的概率分布。蒙地卡罗的缺点是所依据的随机运动并不适于物理学的运动原理，且与其他的非量子计算方法相比并非特别的经济快速。

4.分子动力学模拟（Molecular Dynamics Simulation ,MDS）

岳老师年轻有为，有坚固的专业基础与知识，讲课时条理清晰，在总结前三位老师讲解的内容基础上，使我们巩固所学内容，又主要讲解了分子动力学模拟的主要内容。他以实际程序给我们讲解，把复杂的程序清晰地呈现在我们面前，一步步讲解，使我们有更加清楚地认识。MDS是目前最广泛计算庞大复杂体系所采用的方法，并且现已广泛应用于计算物理、化学、材料、生物科学等领域内的一种计算机模拟技术，它的思想是将组成系统的微观粒子视为牛顿经典粒子，将所研究的系统视为经典多体系统，通过选择恰当的场函数来描述系统内微观粒子间相互作用的势函数及系统外加约束条件后，利用牛顿运动定律来求解微观粒子的牛顿运动方程。

岳老师讲解了MDS的应用，可模拟肺部吸入PM2.5粒子或其他粒子时对肺的伤害，肺表面活性剂单层不是磷脂双分子层，需要用分子模拟确定粒子进入肺部的的速度和位置。与蒙地卡罗计算方法相比较，分子动力学模拟系统中粒子的运动有正确的物理依据，并且计算技巧经过许多修改，现已日趋成熟，由于其计算能力强，能满足各类问题的需求。

三．分子模拟与自己专业领域联系的思考

分子模拟不仅在物理、化学的领域用重要作用，也可应用于生物分子方面，比如质粒DNA与链接载体的构建。我的硕士研究课题为生物分子方面，通过构建多酶复合体大分子构建一种底物通道，而构建多酶复合体过程中，需要用一种非

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水解作用的支架将酶连接起来，形成一种分子复合物。可用分子模拟的知识用软件将需要构建的分子模拟预测，形成一个比较直观的印象。分子模拟可模拟包括DNA 的分子模拟、RNA的结构模拟和反义RNA 的分子设计等。在非常详细的层面上跟踪构型变化的过程以及核酸形成的大的生物分子配合物研究。并且,分子模拟是蛋白质空间结构模拟和分子设计的一个很重要的方法。借助于先进的计算机图形工作站,通过图形接口,既可方便地建立多肽、蛋白质分子的初始模型,也可以显示已被测定的蛋白质分子的空间结构。

在构建复杂大分子上，以纤维素酶复合体为例，纤维素酶复合体是内切葡聚糖酶、外切葡聚糖酶、半纤维素酶通过非水解作用的支架连接，并且会结合识别蛋白。用分子模拟预测它们结合时的折叠状态以及各自位置，可更有效率的构建。

四．结语

转眼32课时的分子模拟课程结束了，研究生的课程模式与本科不同，给了我们更多自由讨论的空间。感谢四位老师的细心讲解，使我们对分子模拟领域有了一定程度的认识，并给以后的分子模拟学习指引了一条道路。我将继续对分子模拟知识进行学习与了解，希望能运用到自己的研究领域，对今后的学习研究大有裨益。

深知自己所懂不多，所懂太少，在今后的学习中，还需拓宽自己的视野，不要只局限于自己的专业领域，广泛涉猎。

第五篇：“分子间有间隙”实验的改进和反思

摘 要：利用实验室常备物品和闲置仪器进行改进，节省药品，操作简单，省时省力。

关键词：水与酒精混合；实验改进；移液管；注射器

中图分类号：g633.8 文献标识码：b文章编号：1672-1578（2016）06-0265-01

现行人教版义务教育课程标准实验教科书化学（九年级上册）第53页家庭小实验中“1+1是否一定等于2”[1]，通过“将100ml水与100ml酒精混合，所得体积小于200ml”的结论，验证分子间有间隙。老教材中是作为演示实验，用量筒和胶头滴管来完成的，但这两种方法都存在一定的不足：

（1）酒精用量为100ml，比较浪费；

（2）200ml量筒内径太大，混合后产生的液面差不大，现象不明显，实验效果不佳。

（3）由于另一种液体是从上面加进去的，在重力的作用下，两种液体已先发生了一定程度混合，也是导致最后的实验效果不明显的原因之一。

（4）实验要进行再次量液，量液时液面接近刻度时还要改用滴管滴加液体，操作比较繁琐，费时费力。

这种实验方法尽管存在诸多不足，但对学生掌握“分子间有间隙”这一知识点仍有一定的帮助。然而新教材将这一演示实验改为家庭实验后，老师在课堂上不再演示，而学生在家里呢，一没药品，二没器材，于是这一实验就形同虚设。

为此，我们试图寻找一种比老教材实验节省药品、材料易得、操作简单、效果明显的实验方法，增设这一实验，帮助各位同行改善教学效果，为教育事业贡献自己的微薄之力。通过使用各种常规仪器和实验手段实验，参照近年来人们对该实验进行改进的众多研究成果[2][3][4]，我们进行了无数次的实验，最后得出了一个最佳实验方案，现介绍如下，供各位同仁参考。

1.实验器材

10ml一次性注射器1支，10ml移液管1支，打有半孔的3号橡皮塞2个。

2.实验方法

2.1 将移液管短管一端插入橡皮塞的半孔中，然后将注射器针头插入橡皮塞中，使针头伸入移液管内，并将注射器活塞归零；

2.2 将移液管尖嘴端伸入盛有酒精的试剂瓶中，拉动活塞抽取5ml酒精（如图2所示）；

2.3 然后将移液管尖嘴端伸入盛有稀红墨水的烧杯中，再抽取5ml稀红墨水，将移液管尖嘴端插入另一个半孔3号橡皮塞中密封（如图3所示）；

2.4 取下注射器，反复颠倒几次移液管，静置观察，液面几乎降到移液管的球泡内（如图4所示）。

3.实验说明

3.1 仅需10ml酒精，药品用量少；

3.2 利用注射器来抽取药品，改变了药品添加的方向，自下而上，避免了药品本身重力对实验的影响，液面高度差更明显，实验效果更好；

3.3 注射器和橡皮塞为实验室常备物品，取材方便。而由于高中化学教材的改版，酸碱中和滴定实验已不再使用移液管，通过这一设计，使已经成为闲置品的移液管又有了用武之地，避免了资源的浪费；

3.4 抽入的两种液体不会装满移液管，留有充裕的空间（刻度以上部分），再加上移液管中部的球泡空间大，在反复颠倒移液管时，在内部气泡的“流动”过程中，能够使两种液体充分混合。而移液管的管径很小，两种液体混合后液面高度差较大，增强了实验效果；

3.5 利用注射器来抽取药品，改变了药品的量取方式，操作简单、省时省力。

4.实验研究的反思

这仅是笔者在日常教学中开发旧仪器新用途的一次创新体验和尝试，相信这样的事例还有很多，只要我们在日常教学工作中多观察思考、勤动手动脑，就能设计出更多类似的效果更佳的实验，充分利用现有资源，完善和弥补教材实验不足的同时，提高自身的教学教研能力和水平，加快自身的专业成长，为自己钟爱的教育事业作出更多的贡献。