生物信息技术第二次作业

第一篇：生物信息技术第二次作业

实用生物信息技术课程第2次作业

人、小鼠、大鼠血红蛋白及其编码基因序列分析

1.认真阅读NCBI书架（Bookshelf）、PDB分子月报（Molecule of the Month）、UniProt蛋白质精选（Protein Spotlight）以及维基百科（Wikipedia）等网站中有关血红蛋白的介绍，了解血红蛋白的生理功能、空间结构、亚基组成等基本知识。

血红蛋白是高等生物体内负责运载氧的一种蛋白质，具有四聚体蛋白质四级空间结构。人体内的血红蛋白由四个亚基构成，分别为两个α亚基和两个β亚基，每个亚基由一条肽链和一个血红素分子构成。

血红蛋白的每个亚基由一条肽链和一个血红素分子构成，肽链在生理条件下会盘绕折叠成球形，把血红素分子抱在里面，这条肽链盘绕成的球形结构又被称为珠蛋白。血红素分子是一个具有卟啉结构的小分子，在卟啉分子中心，由卟啉中四个吡咯环上的氮原子与一个亚铁离子配位结合，珠蛋白肽链中第8位的一个组氨酸残基中的吲哚侧链上的氮原子从卟啉分子平面的上方与亚铁离子配位结合，当血红蛋白不与氧结合的时候，有一个水分子从卟啉环下方与亚铁离子配位结合，而当血红蛋白载氧的时候，就由氧分子顶替水的位置。

2.查阅ENSEMBL基因组数据库中已经或正在进行基因组测序的物种树，了解人、小鼠、大鼠三个物种之间演化关系；检索物种分歧时间数据库TimeTree，了解人和小鼠、小鼠和大鼠之间的分歧时间。

3.从UniProt数据库中检索并提取人、小鼠、大鼠血红蛋白alpha亚基蛋白质序列，利用WebLab或JEMBOSS软件包中的序列比对程序Needle，选择默认计分矩阵BLOSUM62和默认空位罚分进行序列比对，将比对结果填入表1。分析比对结果，说明得到上述结果的原因和进一步分析思路。

表1 人、小鼠、大鼠血红蛋白alpha亚基蛋白质序列比对结果 物种 Species 人/小鼠 人/大鼠 登录号 Accession NP_000549/NP_032244 NP_000549/NP_037228

得分 Score 653 587

相同氨基酸 Identity 123/142(86.6%)111/142(78.2%)

相同和相似氨基酸

Similarity 131/142(92.3%)120/142(84.5%)

空位 Gaps 0 0

实用生物信息技术课程第2次作业

小鼠/大鼠 NP_032244/NP_037228

632 120/142(84.5%)127/142(89.4%)0 4.检索RefSeq数据库中人、小鼠、大鼠血红蛋白alpha亚基编码基因的mRNA序列，下载其编码区序列和所编码的氨基酸序列，进行序列比对，将结果填入下面表2中。

表2 人、小鼠、大鼠血红蛋白编码基因序列比对结果 物种 人 基因名 HBA1/HBA2

编码区序列 登录号

编码区序列 差异位点

氨基酸序列 登录号

氨基酸序列 差异位点

NM_000558/NM0 NP_000549/N

0

_000517 P_000508 小鼠 Hba-a1/Hba-a2 NM_008218/NM1 NP_032244/N

0

_001083955 P_001077424 大鼠 Hba1/Hba2 NM_013096/NM5 NP_037228/N

_001007722 P_001007723 5.对上述人HBA1、小鼠Hba1-a1、大鼠Hba1编码区序列进行序列比对（注意选择恰当的计分矩阵和r），将比对结果填入表3。

表3 人、小鼠、大鼠血红蛋白编因编码区序列比对结果

编码区序列 编码区序列 氨基酸序列 登录号 相同位点 相同位点

人/小鼠 HsHBA1/MmHba-a1 NM_000558/NM_0354/432 127/142

08218 人/大鼠 HsHBA1/RnHba1 NM_000558/NM_0342/430 111/142

13096 小鼠/大鼠 MmHba-a1/RnHba1 NM_008218/NM_0386/430 127/142

13096 6.分析上述人、小鼠、大鼠血红蛋白基因区序列比对结果，阅读血红蛋白基因家族演化论文（Hardison R, 2012），说明人、小鼠和大鼠alpha血红蛋白基因家族基因结构和演化。7.将上述数据库检索、序列比对、结果分析的方法、思路、策略用于和你研究课题相关或你熟悉的蛋白质及其编码序列，分析比对结果，说明原因。

表4 人、小鼠、大鼠胃蛋白酶(PGA5)蛋白质序列比对结果

物种 基因名

得分

1146

相同氨基酸总数（百分比）

219/390(56.2%)

相同及相似氨基酸总数（百分比）

282/390(72.3%)人P0DJD9/ 小鼠Q9D106 人P0DJD9/ 大鼠Q9JJX2

小鼠Q9D106/ 大鼠Q9JJX2 1213 222/422(52.6%)245/422(58.1%)

2742 364/387(94.1%)368/387(95.1%)表5 人、小鼠、大鼠胃蛋白酶(PGA5)mRNA编码区序列比对结果

人NM_014224.2 /小鼠NM_021453.4 人NM_014224.2 /大鼠NM_021753.1 小鼠NM_021453.4/4876.0

1028/1094(94.0%)

0/1094(0.0%)2193.5

748/1179(63.4%)

167/1179(14.2%)得分

2190.0

相同核苷酸总数（百分比）

748/1200(62.3%)

空位数（百分比）

209/1200(17.4%)

实用生物信息技术课程第2次作业

大鼠NM_021753.1

通过对人、小鼠、大鼠胃蛋白酶(PGA5)蛋白质序列和mRNA序列比对，结果如表3和表4。显示，小鼠和大鼠的胃蛋白酶蛋白质序列及其编码的mRNA序列都具有更高的同源性，可能与二者的膳食结构有关系，而人是杂食性的且结构复杂，所以用于初级消化的蛋白酶差距会与小鼠、大鼠相差很大。进一步分析，通过多三者的mRNA序列比对，结果也进一步的验证蛋白质序列比对的结果。

参考文献：

Hardison RC.Evolution of hemoglobin and its genes.Cold Spring Harb Perspect Med.2012 Dec 1;2(12):a011627.

第二篇：第二次作业

读《大学》八目

小议中国式传统“英才”的烙印与转变

[内容摘要] 《大学》中充当灵魂链锁式的 ‚三纲八目‛是中国传统式英才立志立德立功立言的有效途径，也是内圣外王孔儒大道的实现形式。但随着时代发展，历史的经验与教训，我们也应当辩证看待并取舍其中的观念，从而与世界接轨，让古老的中国焕发新生，屹立于世界民族之林。

[关键词 ]

修身

八条目

治国平天下

齐家 一．八条目—中国传统个体道德修为的具体步骤

《大学》云：‚古之欲明明德于天下者，先治其国，欲治其国者，先齐其家，欲齐其家者，先修其身。欲修其身者，先正其心。欲正其心者，先诚其意。欲诚其意者，先致其知，致知在格物。物格而后知至，知至而后意诚，意诚而后心正，心正而后身修，身修而后家齐，家齐而后国治，国治而后天下平。‛

正如《形象学导论》一书中所言，我们通常把格物、致知、诚意、正心作为道德的内在修为（内修），而把修身、齐家、治国、平天下作为道德的外在修为（外治）。这里由于篇幅和学识有限，同时我个人认为格物致知是修身的起点和源泉，所以我们重点就格物致知进行浅析。《大学》中界定模糊的‚格物致知‛是历代儒学中争议最大的存在。什么是格物？向来是《大学》中最有争议的问题，可以说，在思想史上很少有那个概念能象格物这样，产生过这么多的分歧，这么多不同意见。其中较有影响的，如郑玄认为‚格，来也。物，犹事也。其知于善深则来善物，其知于恶深则来恶物。言事缘人所好来也。‛（《礼记正义》）按这种说法，‚格物‛乃‚致知‛的结果，而不是相反，显然不符合《大学》的原义。朱熹则认为‚格，至也。物，犹事也。穷至事物之理，欲其极处无不到也。‛（《大学章句》）朱熹释‚格物‛为‚穷至事物之理‛，有一定道理。不过他又认为格物的最终目的是‚推极吾之知识‛，即发明内心先天具有的理，显然又是主观发挥了。王阳明认为‚格者，正也。正其不正，以归于正也。‛‚格物如孟子‘大人格君心’之‘格’。是去其心之不正，以全其本体之正。但意念所在，即要去其不正，以全其正。‛（《传习录上》）这个解释主观性更强，离《大学》的原义也更远。

那么，格物的原义到底是什么呢？要回答这个问题，就必须回到《大学》文本中去，从上下文义的关系结构中去寻找解答。以往学者或偏重于文字训诂，或偏重于哲学阐发，都有失片面。因为‚格物‛的‚格‛，歧义颇多，不胜枚举，仅影响较大的就有‚来‛、‚至‛、‚正‛、‚度量‛（《苍颉篇》）等数义，而‚物‛乃‚大共名‛，格物一词，文献中又没有旁证，所以仅凭训诂，显然难以找到答案；同样，《大学》一些概念、命题的陈述不够明确，为后人的哲学的阐发留下了空间，对思想、学术的发展可能不无裨益，但却一定程度上模糊了人们对其原义的理解。与此不同，《大学》虽然对格物等概念缺乏明确交代，但它的结构却相当严谨，不仅三纲领与八条目自成一体，而且上下文字互相照应。所以由此出发，庶几可以找到格物的真实含义。传统文化传承至今，《现代汉语词典》给予的解释为：穷究事物的原理法则而总结为理性知识。格，至也。物，犹事也。致，推极也，知，犹识也。那么如何做到格物致知?我大致浏览《大学》后，比较赞同宋.朱熹的看法——《大学》的要害是‚格物‛，格物的要害是切己。切己是精神要求，格物是身体力行。切己方显以为格物，格物所指必归于切己。所谓‚切己‛，这里有两层意思：一是内省。如何运用内省法呢?‚子曰：‘见贤思齐焉，见不贤而内自省也。’‛‚曾子曰：‘吾日三省吾身，为人谋而不忠乎?与朋友交而不信乎?传不习乎‛二是笃行。《礼记》云：‚儒有博学而不穷。笃行而不倦。‛‚笃行‛是为学的最后阶段，就是既然学有所得，就要努力践履所学，使所学最终有所落实，做到‚知行合一‛。《说文解字》对‚笃‛字的解释有两种：一为固也，二为厚也。从这个意义出发，只要明确目标，坚定意志，坚持不懈，就能真正做到‚笃行‛。因此，对于我们而言，要格物致知，实际上就是八个字，即‚德技共举，知行合一‛。

二，对于八条目的历史与现实的思考

但随着深入阅读和理解《大学》中的这段文字，我对于正心诚意，格物致知，修身齐家，治国平天下的因果关系产生了疑问。内修和外治通过修身这一环节联系起来，那么是不是说做到了内修四目就能达到外王和兼善天下的宏愿了呢？我觉得不然。历史的声音给了我们很多矛盾的结局：先以孔丘为例，活至七十三岁，被鲁君尊为‚国老‛，在其他诸国也得到礼遇，可是其为了实现自身理念以过半百之龄周游列国，惶惶然如丧家之犬，终不得志，虽有一干门徒相随，但儿孙之福是享不到的。这样能说他‚齐家‛了么?苏武牧羊，二十年不改归汉之心；嵇康打铁，飘飘然离凡尘之外；两者都是古时君子效仿的典范，但一个妻子改嫁，一个亡于小人之讥讽，遗下弱女幼子，二者都没能‚齐家‛，但是他们修身的功夫不够么？再有，汉武帝父子相残，唐太宗弑兄篡位，明成祖叔夺侄权，三个都是不‚齐家‛的典范，可是又各自独立开创了中国封建王朝的最辉煌时代。不‚齐家‛便不能‚治国‛乎？三国时蜀相诸葛孔明，有安邦定国之才，经天纬地之能，然六出祁山而不能，只落得‚出师未捷身先死，长使英雄泪满襟‛的结局。所以诸此种种，我们看到，八条目固然是先人的宝贵财富，但是必须按照具体情况和时代背景进行取舍，否则也只能沦为一纸空谈。时至今日，有关八条目的遵循与舍弃更应当充满理性与思考，否则我们也只能在‚传统人才‛的小径上与世界潮流渐行渐远。我们必须对于传统的道德评价和利义关系进行全新的认识和转变，才能真正不负《大学》一古文盛典，不负老祖宗们的心血！

参考文献

《大学章句》朱熹，中华书局1983年版

[M].呼和浩特：远方出版社

》郑玄、吕友仁 上海古籍出版社

》许慎、徐炫

中华书局

《中庸〃大学》 《礼记正义 《说文解字

第三篇：第二次作业

讨论与思考

1.现实的教学中，我们经常会遇到班级里的“问题学生”，那么面对班级中“问题学生”，教

师应该怎样使其融入班集体，并使其健康快乐的生活

了解这些学生之所以成为问题学生的原因，再对症下药。如果是学习长期滞后的原

因，就把他和班级里学习优秀且自控能力好的同学同桌，让同学帮助他学习，有时

候比老师教的更有效，多表扬他们。不管是哪个原因，最主要的是让问题学生一定

要能让其感受到老师对他们的关心和爱护。多让他们参加班上集体的活动，让他们

感受到集体荣誉感，团结协作的力量，使他们融入班集体。

2.请谈谈自己身边教师励志成长的故事。

我大学时的一个同学，欢妹子，来自于广西财经学院，我们都是2013年的特岗教师，记得在大四最后一年的读书兼找工作热的生涯中，那时候的我们相当的积极，努力学习之余，还不忘了上上网，投投简历，或者是去招聘会上，都想寻觅到自己理想中的一份工作。

我们班的这位欢妹子，除了考本专业的英语等级证之外，还在努力着考教师资格证，她每天一大清早就起床，不是读英语，就是读跟考教师资格有关的书籍，非常地勤快，我每次看到她，都会问，你就不想尝试着到外面的世界闯闯了，外面的世界多诱人啊，她每次都幽默地回了一句，“你看我这身材，就只能是教书的料了，但教师是一个责任重大的职业，所以我没有一天敢懈怠，所以书就成了我的伙伴了”。她每次出去找工作，都是找一些跟教师相关的工作，什么教育机构啊，说只是为了以后多攒点经验，今年的上半年，我们大家都为了工作，在各自忙着，等回来论文答辩看到她的那一刻，她更加的消瘦了，她说”她每天都在跟学生疯狂着英语，在摸索着这个教师的职业，每天的生活都丰富多彩，每天都了解着不同学生的个性，时时在挖掘着学生的闪亮点，公平地对每一位同学用心，到今天走到教师这个岗位，我才发现，我做到她这种，需花费我们很多，爱心、细心、包容心、耐心等等的心，我正朝着她努力方向在前进，平时，多跟学生聊天，了解他们的学习、生活动态，引导他们努力向上。

加德纳的多元智能理论认为每一个孩子都至少有一种优势智能，请结合自己的教学实践谈谈教师应该怎样激发学生的兴趣？

1.作为学生人生成长路上的重要角色，教师应该怎样突破种种局限，正确的引导学生健康的发展？

2.请认真反思自己教育实践中存在的问题，并与大家分享

第四篇：第二次作业

一、职业生涯教育对班主任的要求

（1）适合中职生横向发展的职业群

（2）适合中职生纵向发展的职业群

（3）就业与指导

（4）职业生涯教育中的能力训练

（5）职业能力的构建

（6）社会能力

二、请就您所带班级学生的专业，尽可能多的列出适合他们横向发展以及纵向发展的职业群

1、所带班级学生为市场营销专业，2、市场营销顾问、汽车美容师、汽车检测员、汽车保险与理赔师、汽车车展与策划人员

3、汽车（配件）的营销策划、采购、销售和售后服务管理，汽车信贷、理赔、汽车检修，汽车（配件）市场调查及预测分析。

4、各类连锁企业从事公司部门主管、店长、领班、采购助理、促销员、采购员等

第五篇：2011、2012级高中信息技术教师培训第二次作业

1.教学与教学设计

其实，每位教师在日常教学工作中都扮演着教学设计者的角色。

作为一堂有计划的课，其目标在于对某一具体教学内容做有准备的分析，且教师根据自己对学生特征的了解来采纳这些分析。

每个教师都要对所用的教学方法或多或少地作出一定的安排。一个有经验的、以学生为导向的教师会把教什么和怎么教融入意义丰富的境脉！

从理论上讲，教学设计是为了达到最优化的教学效果，采用新课程理念和系统化方法，分析教学内容，确定教学目标，设计教学过程、教学策略和评价方法。

1．教学设计的历史与发展

教学设计作为教育技术领域的一个独立学科出现于20世纪60年代的美国。教育技术是研究教学过程和学习资源的设计、开发、利用、管理和评价。教学设计主要研究教学过程和教学资源的设计与评价。教学设计分为两大流派：以教为中心和以学为中心。

2,以“学”为中心

二十世纪50年代，随着建构主义学习理论的产生与发展，以“学”为中心的教学设计思想逐渐形成。建构主义学习理论强调以学生为中心，不仅要求学生由外部刺激的被动的接受者和知识的灌输对象变为信息加工的主体、知识意义的主动建构者，还要求教师从知识的传授者、灌输者转换为学生主动建构的帮助者、促进者。

它的特点：

●强调以“学”为中心

●强调“情境”对意义建构的重要作用

●强调“协作学习”对意义建构的关键作用

●强调对学习环境的设计

●强调利用各种信息资源来支持“学”

●强调学习过程的最终目的是完成意义建构

3.以“学”为中心的教学设计方法和步骤：

（1）教学目标分析，确定所学习“主题”。

（2）情境创设：创设与主题相关的、尽可能真实的情境。

（3）信息资源设计：确定学习本主题需要的各类信息资源及其作用，从何处获取以及如何应用。

（4）自主学习设计：即设计教学方法，如“支架式”“抛锚式”“随机进入式”。

（5）协作学习环境设计：在个人自主学习的基础上开展小组讨论和协商。

（6）学习效果评价设计：自主学习能力的评价，协作学习过程中的贡献评价，是否达到意义建构的要求。

（7）强化练习设计：根据评价结果再为学生设计一套可供选择有针对性的强化练习。