第一篇:蛋白质组技术平台举例
蛋白质组技术平台举例
北京蛋白质组研究中心功能蛋白质组研究技术平台是国际人类肝脏蛋白质组计划(HLPP)表达谱和修饰谱项目的实施平台之一,目前拥有国际先进的蛋白质分离、鉴定系统,配以MALDI-TOF-MS、MALDI-TOF-TOF-MS、ESI-Q-TOF-MS、ESI-Ion Trap-MS等大型质谱设备以及超级计算机检索系统,形成了高通量、高灵敏度、高分辨率和规模化的蛋白质组研究技术平台,结合相应的标记技术(DIGE、ITRAQ、SILAC等)和富集技术(IMAC等),平行构建了差异蛋白质以及修饰蛋白质的鉴定技术,目前已经开展重大疾病,尤其是肝脏疾病和肿瘤相关的蛋白质组研究,为下一步重要药物靶标的发现奠定了基础。平台现可承接一些单项的蛋白质组学技术服务, 同时平台也开展规模化、高通量的蛋白质组学委托科研服务。服务项目包括样本制备、双向电泳、图像分析、胶内酶切、蛋白质鉴定、数据库查询与结果分析、免疫印迹及磷酸化蛋白质检测。
一、样品制备技术
1.适于双向电泳的蛋白质提取及定量;
2.亚细胞器提取及纯度评价(质膜、线粒体、内质网、细胞核、胞浆);
3.Beckman公司 Optima™ L-80 XP超速离心机;
4.Beckman公司 Avanti™ J-25高速离心机。
二、电泳及电转系统
1.BIO-RAD公司PROTEAN IEF Cell等电聚焦仪;
2.BIO-RAD公司PROTEAN II xi Cell电泳槽;
3.BIO-RAD公司Mini-PROTEAN 3 Electrophoresis Module/Mini Trans-Blot Module;
4.Amersham pharmcia Biotech公司IPGphor等电聚焦仪;
5.Amersham pharmcia Biotech公司Ettan DALT II System;
6.Amersham pharmcia Biotech公司Hoefet miniVE electrophoresis and electrotransfer
Unit;
7.图像分析软件BIO-RAD公司 PDQuest™ 2-D analysis software version:7.11;
8.图像分析软件Amersham pharmcia Biotech公司Image Master™ 2D version:5.0;
9.自动切胶酶解系统为BIO-RAD公司Spot Cutter;WATERS公司 MassPrep;
10.Amersham pharmcia Biotech公司Spot Handling Workstation。
三、蛋白质组学中的核心质谱技术
基质辅助激光解析电离飞行时间质谱MALDI-TOF-MS可测定生物大分子的分子量高达600KDa。通过肽质量指纹谱(PMF)和肽序列标签(PST)技术可高灵敏度、高通量、快速鉴定蛋白质,是蛋白质组学研究必不可少的生物质谱,也是临床蛋白质组学首选的技术。还可分析寡核苷酸序列、多糖结构、聚合物分子量分布、特殊合成化学品等。
美国ABI公司MALDI-TOF/TOF质谱仪 能从一个样品PMF图谱中选择几个肽离子进行片断化和MS/MS分析,而且分析可在数秒或数十秒内完成。该仪器是目前进行高通量蛋白质组分析非常理想的仪器。
电喷雾四极杆飞行时间串联质谱仪ESI-Q-TOF-MS自动化LC-MS/MS肽段测序功能,是多肽组学研究的重要技术。样品用量少,仅fmol样品就可测序(如电泳胶)。
离子阱串联质谱仪ESI-Ion Trap-MS 中心具有两台离子肼串联质谱,高通量LC-MS/MS肽段测序功能,为SHOTUGUN技术首选串联质谱。
第二篇:东华大学生物科学与技术研究所蛋白质研究组招聘博士后研究人员
东华大学生物科学与技术研究所蛋白质研究组招聘博士后研究人员
本研究组主要从事原核生物基因内含子的鉴定、结构与功能以及剪接机理的研究;
2、功能基因中蛋白质内含子的结构与功能、进化与应用的研究;
3、应用蛋白质剪接技术开发蜘蛛丝蛋白的研究。本课题组现因研究工作需要,拟招聘2-3名博士后,待遇按照东华大学统一规定。工作出色者,本课题组有能力推荐去北美学习深造。
应聘人员应具备以下基本条件:
1.立志从事科学研究,富有探索精神,思想活跃。
2.具有扎实的生物化学与分子生物学理论知识以及娴熟的实验技能。
3.以第一作者身份在 SCI 收录的英文期刊杂志上发表过研究论文。
4.有责任心和团队精神。
联系地址:东华大学生物科学与技术研究所,上海松江人民北路 2999号,邮编:201620
联系人:孟 清老师
Tel :0086-21-67792651
Fax :0086-21-67792647
E-Mail :mengqing@dhu.edu.cn
应聘者将个人简历等,通过以上述联系方式发送给我们。
第三篇:分子克隆3—蛋白质相互作用研究技术
蛋白质相互作用研究技术
一、双杂交和其他双成分系统
二、用GST融合蛋白进行Far Western 印记来检测蛋白质-蛋白质相互作用
三、用GST融合蛋白沉降技术检测蛋白质-蛋白质相互作用
四、通过免疫共沉淀确定结合蛋白
五、采用GFP和荧光共振能量转移技术测定蛋白质相互作用
六、利用BIAcore通过表面胞质基因共振光谱学分析相互作用的蛋白质
七、。。
导言
一、多数蛋白质研究工作可分为四个类别:
1.二、蛋白质-蛋白质相互作用研究的3个层次
1.研究的目的是确定各种可能与目标蛋白相互作用的蛋白质,此时要撒大网,因此生理意义暂时不被看重;
2.感兴趣的相互作用蛋白质已被确定,研究的目的是通过详细分析生物学功能,来确定相互作用的生理学意义和影响。
3.某中相互作用已被发现,并且被证实是生理性的,此时研究的目的是提供一种高通量的方法,以发现能够按所需的方式调节这种相互作用的试剂。
三、与蛋白质相互作用直接相关的另一领域是分子模建:
四、各种技术应用分析:
1.所列方案(1~6),不能证明观察到的相互作用是直接或间接的,如果研究目的是确定直接相互作用,最终使用的方法中必须采用纯化的蛋白质。
2.特定蛋白质的内在性质在某种程度上决定了哪种技术能有效的用于分析蛋白质相互作用;`` 3.双杂交和基于GST-融合的筛选方法(方案1,2,3)适用于撒大网式的应用研究。方案2,3只是用来确定体外的相互作用,这种体外的相互作用应当进一步在体内通过单独的方法来证实。
4.对于相互作用在生理上的证实和探索,采用内源蛋白质的免疫共沉淀(方案4)和FRET(方案5)的方法更可取;
5.为快速分析过去已确定的相互作用,双杂交和GST沉降分析具有一些明显的优势;
一、双杂交和其他双成分系统
二、用GST融合蛋白进行Far Western 印记来检测蛋白质-蛋白质相互作用(一)`引言
1.细菌表达的谷胱甘肽S-转移酶(GST)融合蛋白被用于直接测定蛋白质-蛋白质相互作用,以及亲和纯化。
2.融合蛋白的设计依赖于所选择的检测方法和计划采用的筛选方式。
[1].对于文库筛选,将尽可能大的探针蛋白包括进去可以增加检测到的相互作用的数目。
[2].如果探针蛋白含有已知的相互作用区,并且他们用于证实预期的相互作用,那么仅含有这些结构区域的融合蛋白可能更好。
3.GST成分可以二聚化并能产生背景。
4.筹划Far Western 印记实验需要考虑的因素:
[1].最重要的因素是:在没有过多降解和不溶解蛋白质的条件下合成融合蛋白的能力。
[2].从不同融合蛋白制备物得到的结果可能有所不同,所以监控融合蛋白的状态是非常重要的,这包括纯化期间和纯化后,如果蛋白质被存放,还包括使用前后。[3].有助于确认蛋白质-蛋白质相互作用特异性的两个对照是 a)用融合蛋白突变体探测,这种突变体可以破坏相互作用; b)用标记GST来探测膜。?
[4].最终,还要确定是否用变性/复性循环来探测膜,这样设计是为了使错误折叠的蛋白质重新折叠成天然构像。
a)从SDS-PAGE转移到膜的蛋白质通常不需要变性和复性,如果在检测SDS-PAGE时没有产生蛋白质-蛋白质相互作用,那么引入变性/复性过程可能产生阳性结果; b)在探测表达文库覆盖印记的滤膜时,许多研究人员发现变性/复性是必需的步骤。[5].5 5.5(二)实验方案
1.Materials [1].缓冲液和溶液 [2].2.Methods: [1].放射标记蛋白探针的制备 [2].探测膜
3.3(三)注意事项
三、用GST融合蛋白沉降技术检测蛋白质-蛋白质相互作用
(一)`引言
1.GST-pull down 利用了GST对谷胱甘肽偶联球珠的亲和性,从非相互作用蛋白的溶液中纯化相互作用蛋白。该技术对探测蛋白质在溶液中的相互作用特别有用,而这种相互作用在膜的分析中可能是检测不到的。2.GST-pull down通常有两种应用:
1)确定融合(或探针)蛋白与未知(或靶)蛋白间新的相互作用;
a)未知蛋白可能受浓度的限制,为确定新的相互作用,未知蛋白质必须以足够的量存在,以使这种相互作用能用所选择的检测方法观察到。b)放射标记的细胞裂解液时最常用的蛋白质来源
c)在实验前要考虑:实验目的,探针蛋白的表达等。2)证实探针蛋白与已知蛋白间可疑的相互作用;
a)各种蛋白质来源可用于确定和探询这种相互作用。
b)用于检测相互作用的方法是由能否获得对靶蛋白的抗体来决定的;如果抗体得不到,那么就可利用S标记的体外翻译蛋白或靶蛋白用表位做标签。必要时,可用编码蛋白的质粒转然培养细胞,以增加分析蛋白质的丰度。c)控制质量作用(如非特异性聚集)的影响,并确认探针蛋白同靶蛋白分子间结合的特异性是非常重要的。
d)结合特异性的最好控制是包括一种带有突变相互作用域的GST融合蛋白,丧
35失与这种突变探针蛋白的结合就表明靶和探针间的正常结合是特异性的。e)测试假定靶蛋白与GST间的结合也很重要。
3)3
这两种实验的设计和实施都有所不同。
3.GST-pull down必须对每个蛋白质复合物的分析进行优化:
1)发生相互作用的缓冲液;
2)与融合(探针)蛋白混合的把蛋白的量;所需材料的量主要由把蛋白的丰度和相互作用的亲和力决定(实验开始时两个参数通常是未知的。)3)清洗球珠的条件; 4.4(二)实验方案 A.材料
1.缓冲液和溶液
1)裂解缓冲液:? 2)50%谷胱甘肽琼脂糖球珠悬液:在裂解缓冲液中配。(Beads are often supplied by commercial vendors in solutions containing alcohols.It is important to wash the beads thoroughly in GST pull-down lysis buffer and to generate a 50/50 slurry of beads in GST pull-down lysis buffer prior to use.)
3)溶于50mmol/L Tris-Cl(pH 8.0)中的还原型谷胱甘肽(20mmol/L)
(glutathione;γ-L-glutamyl-L-cysteinylglycine, GSH)
4)
2.专用设备
1)沸水浴
2)翻转样品旋转仪(有,无?)3)谷胱甘肽琼脂糖球珠 3.细胞和组织 4.附加试剂 B.方法
预清除细胞裂解液
1.将细胞裂解液与50l的50%谷胱甘肽琼脂糖球珠悬液和25g GST在4℃翻转混合孵育2h(实验室内如何实现?)。需要检测相互作用的裂解液的量是高度可变的。开始用1×106~1×107个细胞的裂解液。(细胞裂解液提前制备好是否可以?若提前制备好,放于4℃还是-20℃)
a)预清除步骤主要是从裂解液中除去与GST成分或球珠有非特异性相互作用的蛋白质。b)如果相互作用的检测主要是用针对候选相互作用蛋白质的抗体,那么做预清除并不总是必须的。包含两种对照很重要:GST加球珠和仅有球珠。
c)在用35S标记的细胞裂解液用于确定新的蛋白质-蛋白质相互作用时,预清除步骤有助于降低本底。
d)实验的目的是比较GST与GST融合蛋白,有必要对每个反应制备足够量的预清除细胞裂解液。(多少算足够?以蛋白质的浓度定?还是靶蛋白的表达量来定?)
e)试剂有效的混合是成功的关键,为达到此目的,反应应在一个合理的体积中进行:一个好的起始值是500~1000l。
2.在微量离心机上以最大速度在4℃离心混合物2min。(13,000 rpm)3.将上清(就是预清除的细胞裂解液)转移到新的离心管中。
探测细胞裂解液
4.设定两个含等量预清除细胞裂解液及50l的50%谷胱甘肽琼脂糖球珠悬液的微量离心管。在一个管中加约(~5-10 µg)的GST蛋白,另一管中加约(~5-10 µg)的GST融合探针蛋白。将离心管在4℃翻转混合孵育2h。两个反应中加入的探针和对照蛋白终浓度应该是相同的。(终浓度相同的意义是什么?如果融合蛋白不纯化,如何确保其浓度相同?)
5.在微量离心机上以最大速度离心样品2min。(13,000 rpm)(谷胱甘肽琼脂糖球珠的分子量,其连上蛋白后是否可以沉淀下来?)
6.在新的离心管中收集上清。这些样品可通过步骤10中的SDS-PAGE进行分析。(进行分析的目的:How much of the interacting protein was depleted from the total cell lysate.以优化实验条件)
7.用1ml冰冷的裂解液洗球珠。在微量离心机上以最大速度离心混合物1min。弃去上清。重复洗三次。(4次---cold spring harbor protocol)8.(可选)加入50l 20mmol/L的还原型谷胱甘肽到球珠中,洗脱GST融合蛋白及任何与其结合的蛋白质。在微量离心机上以最大速度离心2min。(洗脱方法的缺点:若多次洗脱,最后终体积较大,后续上样较麻烦。所以多数研究者选择将球珠煮沸以使目的蛋白与GST融合蛋白分离。)
9.将球珠(来自步骤7)或洗脱蛋白质(来自步骤8)与等体积的2×SDS-PAGE上样缓冲液混合。
检测相互作用蛋白质
10.将样品煮沸4min并作SDS-PAGE分析。
11.检测与GST融合蛋白结合的蛋白质的方法取决于细胞裂解液是否被的目的。
5S标记以及实验a)如果目的是检测与融合蛋白结合的所有的35S标记的蛋白,就在干胶仪上将胶抽干,并用X线胶片曝光进行放射自显影。
b)如果目的是检测特异性结合的蛋白质,就将蛋白质从SDS-PAGE转移到膜上,进行免疫印迹分析。
c)如果目的是确定与融合蛋白结合的蛋白质的大小和丰度,而这些蛋白质是来自非放射性的裂解液,就用考马斯亮蓝或硝酸银将胶染色。
(三)注意事项
四、通过免疫共沉淀确定结合蛋白
(一)`引言(二)实验方案
A.材料 1.缓冲液和溶液 2.专用设备 3.细胞和组织 4.附加试剂
B.方法
(三)注意事项
五、采用GFP和荧光共振能量转移技术测定蛋白质相互作用
(一)`引言(二)实验方案
A.材料 5.缓冲液和溶液
6.专用设备 7.细胞和组织 8.附加试剂
B.方法
(三)注意事项
六、利用BIAcore通过表面胞质基因共振光谱学分析相互作用的蛋白质
(一)`引言(二)实验方案(三)注意事项
第四篇:技术组日常工作
技术组日常工作
1、报表
检待修井:区队上报各自检待修井(附产量、功图),技术组分析判断后整理,早上8:00之前报调度和通井工段,并与通井工段沟通,派车检修
排量:区队上报各自技措井、二压井、新井、恢复井、事故处理井产量,技术组整理,早上8:00之前报大队统计处,同时了解技措井等产能和动态情况
晚报表:技术组每晚20:30之前向调度和大队统计处上报当天落实情况
2、考勤
早上8:00之前技术组向调度上报技术员考勤情况
3、油井动态
至少每月跟区队对接一次油井动态
4、设计
通井车上车前技术组出设计、安全技术交底,作业完后技术组视频审查,收设计、交底单、工单、作业总结
5、现场监督
技术员对上车检修井、技措井、二压井、恢复井、事故处理井必须现场监督,严把质量和技术关
6、熔蜡
每月选40-50口结蜡严重、结蜡周期短的油井与通井工段沟通进行熔蜡(目前我们只有自能热洗车一部)
7、功图测试
目前技术组技术员人员较少,在不影响技术组正常日常工作的前提下,要求技术员每月测试一定数量的功图
8、巡井
每月二次巡井,重点是检修过的油井,并要求有记录
9、含水化验
技术组每月随机抽选各区队5-10油井,让区队取样送到技术组,技术组化验含水情况,并与数据库对比,化验完后在调度群里公示
10、停井恢复
每年技术组都会选10--20口停躺井进行恢复,(分析周边相邻油井产量、注水受益情况、油井自身资料进行分析,总结出最简单有效的方法进行恢复)
11、学习
要求技术员自觉学习,不断增长知识,同时提高自身素养
12、培训
每月对技术员进行至少二次以上的安全、技术等方面的培训,并要有培训记录
13、资料整理
这是一个长期而漫长的工作(各类资料的统计、新资料的收集、已有的资料分类)
14、采油工程月报 每月初向研究所传采油工程月报
15、数据库
每月上传月度数据、油井检修管柱数据
16、卫生区
技术员每天8点左右打扫大队院子
17、其它方面
要求技术员要自律、自爱
第五篇:技术组工作总结
车辆管理大队技术组工作总结
2010年,技术组在大队各级领导的正确领导下,紧密围绕资产设备管理、质量、节能等中心工作,按照油田公司“属地管理、直线责任”的相关要求,切实把各项工作落到实处。秉承“想干事、会干事、干成事”的工作态度,技术组全体同仁认真履行各项职责,圆满完成了上级部门安排的工作任务。我们将今年的工作做以下总结:
(一)资产设备管理工作
1.创新车辆修保方式,保证设备完好率
切实履行大队制定的设备管理工作目标:完好率达到93%以上;利用率达到74%以上;设备责任事故发生率为0 ;
一、二维完成率100%。
设备管理方面采取“三检制”的管理方式,由驾驶员在每次出车前、行使中、收车后自检自查。中队坚持每月不少于两次的车辆回场检查,每月一次的车辆技术性能检查,大队每季一次的车辆技术性能检查,并做好记录。在中队及大队的检查中发现问题能整改的立即整改,不能立即整改的限期整改,大队每季度对检查情况进行评比,并将评比结果与奖金挂钩。
在车辆维护保养方面,技术组根据国家标准GB18565《营运车辆综合性能要求和检验方法》、GB7258《机动车运行安全技术条件》、GB/T 15746《汽车修理质量检查评定标准》,结合大队车型具体情况制定了车辆各级维护制度,确定了大队各类车型的二 级维护基本作业项目,严格贯彻落实车辆维护工艺,提高了车辆技术状况,有效降低了燃油消耗和尾气排放。同时,编制了符合内部竞赛要求的车辆二级维护作业项目、技术要求和评分标准,将工艺标准与节能减排效果有机地结合起来。大队严格执行4S管理标准,针对刹车油(8万公里更换)、助力油(8万公里更换)、防冻液(8万公里更换)、火花塞(8万公里更换)、传动皮带(10万公里更换)、正时皮带(8万公里更换)等部位,根据各自更换里程对这些部位分别进行更换。同时注重“三滤”的维护。空气滤清器堵塞,会导致空气流速缓慢,流量减少,空气与燃油的混合比例失调,一方面造成发动机耗油,另一方面由于混合气太浓,燃烧不彻底,排放物超标,对环境造成污染。在车辆二级维护中,大队认真做好空气滤清器、机油滤清器和柴油滤清器的清洁工作。
技术组针对车辆保养周期短、次数多,实际效果不明显的问题,大队延长了单车保养周期,将原本每季度一次的保养周期改为现行的四个月一次,这样不仅最大限度的利用了设备资源,同时也降低了保养费用。另外,大队改进了车辆机油更换制度,将原有的机油更换里程从5000公里提升至7000公里,这样更加符合大队的生产实际,也避免了不必要的浪费。2.重视基础资料管理
重视基础资料的重要性,坚持将资料统计分析做为开展一切工作的前提。车辆管理大队汇集了全厂20多种车型,各种车型 的使用条件、年限差异造成了复杂的技术状况,为了逐步提高车辆综合管理水平,完善各种基础数据,技术组组织相关人员到厂档案室查找说明书,利用网络查找车辆的有关数据。始终坚持将资料统计分析做为开展各项工作的第一要素,有效提高了工作准确率。坚持以统计分析结果结合现场情况开展工作,使设备管理工作做到重点突出、工作有序。为车辆管理大队的设备管理工作打下了坚实的基础。
设备的转资:对于2010年所购入设备,包括车辆、计算机、打印机、空调等,及时、准确将有关数据录入,完成转资,使大队的帐物相符。
装备计划和报废管理:根据要求每年两次装备计划申报。能够根据生产的需要填写装备计划申报表,报废申报时把大队设备中到报废年限和不需用设备上报及时,做到不漏报,避免造成不良后果。
档案管理:提高对档案管理的重视程度,通过对大队档案室安装空调、防火窗帘等设备,加大档案的管理力度,使档案管理工作做到有条不紊、万无一失、真实准确。
同时,对车辆台账、报表等资料做到精细填写,及时做好车辆回厂检查记录、一维记录和小修记录,确保资料的准确无误。3.开展同车型红旗车检查评比活动
为提高驾驶员业务能力、车辆使用和维护的水平,保障车辆的技术状况。调动驾驶员工作积极性,提高服务质量和车辆完好 率、利用率。根据厂领导的指示,资产科的要求加强资产设备管理工作力度,提高车辆检查保养和维修质量,使大队管好、用好车辆,实现节能降耗,在大队内部开展同种类车型红旗车检查评比活动,在同种车型之间形成比、学、帮共同提高的氛围,做好车辆的维护、保养工作,提高车辆的技术状况,同时提高了驾驶员的业务能力和综合素质及岗位服务质量,树立了窗口形象。
(二)技术监督中心具体工作
1.切实做好质量工作。针对质量工作中存在的薄弱环节,紧抓质量法律法规政策的学习,努力熟悉质量工作。同时积极参加上级部门组织的各类质量培训。通过参加高升采油厂组织的质量培训,对质量管理体系以及质量法规制度有了较系统的了解,丰富了质量知识。通过 “2010质量月活动”的培训学习,认识到质量体系工作的重要性,对今后的工作起到了很大的帮助。2.进一步明确节能工作方向,充分认识节能工作的重要性和现实意义。严格按照《高升采油厂2010年节能节水工作部署》的要求,积极构建适合车辆管理大队的节能管理体系。严格要求、精细管理,注重源头防治,在日常工作中加强监督,并配合大队一系列的管理制度及规定,落实大队节能、节水管理办法,加强日常管理,并不定期进行检查。认真完成好各级部门分配的各项工作。积极研究探索工作中遇到的各种问题,同时开展“节能宣传周”活动。通过活动,极大地激发了大队职工对节能减排工作的热情、有效地促进了车管大队节能工作的开展,提高了大队员 工的环保意识。
(三)存在的不足
在厂四季度目标考核中,考核小组指出了工作中的不足之处,为技术组以后的工作提供了帮助。具体情况如下:
1、无本单位规范且签发的资产设备管理制度;执行记录(管理活动记录、检查记录、文件制度发放记录)不全;管理台账(装备购臵台账、资产修理台账、资产变动台账及综合台账)不完善。
2、应急预案内容需完善。
3、辽L-11774直拉杆球头旷,辽L-22083右主衬套坏、右刹车油管老化。
4、无质量分析会记录、质量培训无教案。
日常工作中难免存在着疏忽与不足,敬请各位领导批评指正。