利用峰面积分析混合DNA样品(合集五篇)

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第一篇:利用峰面积分析混合DNA样品

【关键词】阴道混合物,强奸,dna

【中图分类号】d919.2;q7

5【文献标识码】b

【文章编号】1007~9297(2004)01—0051—0

3在法医dna检验过程中,经常会遇到多个体的混合样本,如受害人和嫌疑人的混合样品,几个嫌疑人的混合样品。荧光

标记自动分析str系统,不仅能根

据位点等位基因的个数判断

样品是否为混合样品,而且还能根据等位基因峰面积(谱带荧光

总强度)确定混合样品中各组分的混合比例,推断混合样品中各

组分的基因分型_1j。gill等建立了利用峰面积分析混合样品的方法_2]。本文利用该法对一宗案件中的混合样品进行了分析,推断混合样品各组分的比例及各组分的基因分型。

材料和方法

2001年于中山某地发生一宗强奸案,送检材料为事主血纱,嫌疑人1血纱,嫌疑人2血纱,以及在嫌疑人2住处提取的一根

带毛囊的阴毛(上沾有少量分泌液),分别编为1~4号样品。按

chelex一100法 提取dna,采用ampfi str identifiler复合扩

增试剂盒(美国abi公司)同时扩增d8sl179、d21sll、d7s820、(f1p0、193s1358、tho1、d13s317、d16s539、d2s1338、d19s433、vwa、tpox、d18s51、d5s818、fga等15个位点和性

别位点amelogenin,扩增产物在abi310遗传分析仪上进行电泳

分离,genescan~3.0软件分析结果,genotypern 2.5软件进行基

因分型。

结 果

一、样品分型

样品分型结果见表1。

表1 样品分型结果

二、结果分析

结果分析方法参照文献[2]。

(一)确定是否有混合样品

1.根据谱带数目。正常情况下进行常染色体str分型时,纯合子应检出一条带,杂合子检出2条带,混合样品会出现谱带

数目增多。4号样品在d8sl179等3个位点检出4个等位基因

(表现为4条谱带),在d21s11等6个位点检出3条谱带,提示

该样品为混合样品。

2.等位基因峰面积的不对称。理论上对于杂合子来说,两

个等位基因的峰面积应大致相等,比例接近于1;而混合样品由

于等位基因的叠加,可能会出现不正常的杂合子现象,两个等位

基因的峰面积差异会增大。表2列出了混合比例为1:

10、1:

1、10:1时出现2个等位基因时峰面积的比例。4号样品在th01、d13s317、tpox、d18s51、amelogene等位点均检出2条带,类似

杂合子,但2条带的峰面积明显不平衡(见表3),同样提示4号

样本为混合样本,且为男女混合。

(二)确定混合样品中供体的数目

样品4所有位点出现的等位基因数最多为4个,提示供体数

为2个。

(三)确定混合样品中各供体的基因型组合对于杂合子来说,两个等位基因的峰面积应大致相等,比例

接近于1。基于此原理,分析者可以通过观察到的峰面积来推断

可能的基因型组合和各组分的比例。对确定是二供体组成的混

合样本来说,分型结果可以表现为一带型、二带型、三带型或四

带型。除一带型外,其余各种表现均可提供基因型组合的信息。

其中.四带型由于直观地表现出2个供体的基因型,所以最易于

通过其推断2个供体的基因型组合及其比例。

假设某一位点出现的4个等位基因依片段由小到大的顺序

定为a、b、c、d,观察到的面积分别为paa、pab、pac、pad,定义

mx为所有位点都接近相等,然后给出一个估计的混合比例

(mx),如果解释正确的话,观察值和期望值应接近,这对任意基

因型组合可用峰面积的剩余值eq来检验,峰面积的剩余值eq=

σ(pa观察值一pa期望值),峰面积的剩余值越低,该基因型组

合的可能性越高。以4号样品的d8sl179位点为例,混合物中

检出10(a)、14(b)、15(c)、16(d),据eq值可推断混合比例

(mx)bc/ad=0.62,相反混合比例(mx)ad/bc =0.38,其他的基因型组合(如ab,cd)不可能存在,因为eq不可能接近零。

表4列出了对出现4个等位基因的位点的分析,在列出某个

位点的所有可能的基因型组合后,计算他们各自的eq值,将eq

值最小的基因型组合作为推断的基因型组合列入表4中。

取表4计算出的mx的平均值0.36,并定义mx为所有位点

都接近相等,计

算各位点的eq值,见表4。

可以看出取mx的平均值后,各位点的eq值变化不大

· 52 ·

分析出现3个等位基因比出现4个等位基因的模式复杂的多,因为排列组合更多,不过可应用同样原则。除部分位点可推

断基因型并推断各组分比例,大部分出现3个等位基因的位点

只能推断各组分的多少而不能计算出具体数

值。

法律与医学杂志2004年第ll卷(第l期)

取表l计算出的mx的平均值0.36,并定义mx为昕有位点

都接近相等,计算各位点推断基因型组合的eq值,表5列出eq

为最小值时的基因型组合。

表2 出现2个等位基因时峰面积的比例的分析

表3 出现2个等位基因的位点的分析

表4 出现4个等位基因的位点的分析

表5 出现3个等位基因的位点的分析

律与医学杂志2004年第11卷(第1期)

表6 混合样品各组分基因型的推断结果

· 53 ·

从单个str位点等位基因峰面积计算得出的混合物比例

mx通常可应用于所有位点,但当某几个位点可以推断基因型组

合并推断混合物比例时,取mx的平均值去验证各位点的eq值

显得更为准确。

组分的比例越悬殊,基因型组合越易鉴别,比例越接近,可

能的基因型组合越多,越难判断。需注意的是峰面积值太低(<000个单位)时判型不准确,应通过增加或减少dna样品浓

度、增加电泳上样浓度、增加电泳进样时间等方法来提高峰面积

及增加相应峰的平衡,使峰面积更好地反映混合样品中各组分的dna比例。研究表明,当混合比例为1:10和10:1时,较少组

分的等位基因峰面积已接近与主要组分等位基因的“stutter”峰

面积⋯,所以混合比例过分悬殊时,分析应多加注意。

根据上述计算、分析推断得出样品4的混合物比例为0.36,基因型组合见表6,可以看出组分1有8个str位点与嫌疑人

1基因型相同,可达认定。而组分二则有8个str位点与事主基

因型相同。在vwa位点中,18/18、14/17的基因型组合eq值经

计算为0.013 9,并非最小,可能由于等位基因扩增不平衡所致。

讨 论

本文利用峰面积对两组份的简单混合斑进行分析,方法简

单,贯穿推断过程的是各等位基因的峰面积剩余值要接近于零,峰面积的剩余值越低,该基因型组合的可能性越高。(1)在确定

样本为两组份的简单混合物后,通过出现4个等位基因的位点的各峰的峰面积推断可能的基因型组合和该组合的混合比例,取平均值。(2)利用此混合比例平均值对出现3个等位基因的位点和性别位点进行分析,推断出可能的基因型组合和性别组

合。(3)将推断出的各组分基因型与相关样品基因型比对:(4)

需注意的是扩增时混合物dna 的浓度应控制在一个合适的范

围,使各等位基因扩增尽量平衡,这样结果更准确。(5)应尽可

能多做几个位点,位点越多,信息量越大,认定的几率也越大。

(6)分析时尽量进行盲分析,这样可以保证分析的可重复性和科

学性,可能会有个别位点出现错误,可将该位点去除或进行修

正。

参考文献

[1]郑秀芬,纪贵金,刘超,等.二组份混合dna样品str图谱解释中国

法医学杂志,2001,15(4):203~207

[2]gill p,sparker r,pinchin r,et a1.interpreting simple str mixtures us

ing allele peak areas forensic sci inter,1998,91(1):41~53

[3]公安部物证编写组.法医物证检验技术与应用北京:人民法院出版

社.1997 333~334

(收稿;2003—06—13,修回;2003—07—27)

第二篇:理化样品分析的质量保证.

理化样品分析的质量保证

理化样品分析的目的是利用可靠的、简便的方法和灵敏度高的仪器设备,将样品中的有效成分和有毒有害成分快速测定出来,并能准确地进行定量分析或定性分析,为疾病预防控制、卫生监督和卫生评价学工作提供可靠的实验数据。理化样品分析的质量控制是保证测试结果准确无误的一种重要手段。

质量保证即确认测试数据达到预定目标的步骤,理化样品分析数据质量保证是一个复杂的系统工程,它包括既有区别又有联系的质量控制和质量评定两个方面,贯穿于从采样、收样、取样、测试至报告的实验室样品分析全过程中。质量控制[1,2]

质量控制即为产生达到质量要求的测定所遵循的步骤。质量控制技术的关键:(1)较高的人员素质:实验人员的责任心、基础水平、技术能力和经验是保证测定质量的首要条件。(2)测量仪器设备能满足分析要求:分析测试仪器不仅要满足方法检出限的要求,而且要处于适用状态,即按规定进行周期检定、校准、保养、日常保管和正确使用。(3)量值溯源:量值必须准确可靠,并具有良好均匀性和稳定性。工作标准溶液的浓度准确与否,将直接影响测量结果的准确度。因此,要保证不间断的溯源链,使用标准物质时,必须向提供标准物质的部门(供应商)索取有效的标准物质证书,保证标准物质使用的可靠性和可溯源性。(4)有一个好的实验室操作基础并严格执行标准操作步骤:实验室操作包括测试环境的合理、清洁、仪器设备的使用记录、样品处理、试剂控制、玻璃器皿的清洗等;标准操作步骤即标准分析方法所阐述的操作步骤。(5)有一套严格的实际有效的规章制度:包括样品、仪器设备、各类实验室管理制度和实验数据、报告的审核制度,应归纳在质量管理手册和标准操作规程中。

1.1 样品的采集与管理

样品是实验对象,分析的前提,要求有惟一性、真实性和安全性特征。样品的采集应具有代表性:取决于现场科室采样人员的职责和技能,样品的采集、保存与运输的技术和措施。如果采集的样品不具有代表性及真实性或采集的样品不能保证质量,就会造成检验结果数据失控。

样品管理是一项看似简单而实际易出问题的工作。作为实验室样品分析的质量控制部分,首先要求有一套严格的样品管理制度、素质较高的管理员、符合要求的样品存放室和细致的样品交接手续。采集的样品数量应符合检验要求,样品要有专人接收和登记,由接样人将样品编好号后送实验室交检验人员,对不合格的送检样品应拒收并向送检人员说明拒收原因,告知正确送检样品的要求,重新采样送检。

1.2 取样的质量控制

取样的质控关键是要注意样本的均匀性和稳定性,即被测特性在空间分布和随时间变化的问题。

1.3 检验方法的选择

测试前应核对检测项目和指标,查阅标准分析方法和有关检验资料,一般采用现行有效的国家标准方法,无国家标准方法而采用其他方法进行检测的,要知道该方法是否已通过验证、鉴定和审批,对该分析方法误差的预测与控制,以保证即使没有很多经验的检验人员也能得到可以接受的分析结果。

1.4 分析测试的内控

样品分析测试几乎涉及了质量保证全部内容。在实际测试工作中误差无时不有,无处不在,质控的根本目的就是要控制误差。清楚误差的来源、分类、转化等概念,并从分析者本身、测试环境、试验用水、试剂、器皿及每一个分析测试的步骤中减少分析空白值的引入,就是要杜绝过失误差,及时发现并消除系统误差,减小随机误差。

重要的工作:(1)实验室基础工作—反映出实验室管理水平:如测试环境满足分析项目的要求,仪器设备检查核准,实验用水、试剂的纯度、级别达到要求等。(2)分析方法的质控—反映操作者个人技术水平:即便是标准分析方法,不同的操作者得出分析结果的不确定度是不同的。应要求做好分析方法的校正曲线、精密度、检出限、方差齐性检验(确定线性有效范围)、方法AQC试验(误差的估计)、质控图(判断测量系统是否处于控制状态之中)等工作。

1.5 数据报告的质量审核

1.5.1 原始记录

在检验过程中,要严格操作规程,按操作方法中的程序进行操作,不得随意改动操作程序。并做到同时做好原始记录,原始记录的内容应为:(1)检验样品名称、编号、样品始检日期和检验结束日期;(2)样品检验项目和检验方法;(3)检测仪器的编号、名称、型号、工作条件;(4)影响实验结果的检测环境条件;(5)检测过程中所出现的问题;(6)被检样品原始数据的记录和数据处理结果;(7)检验人员的签名和校核人员的签名及日期。

第三篇:样品分析方法参考

样品分析方法参考

石灰石:0.15克锡+0.15克样品+0.3克纯铁+一勺钨粒 白云石:0.15克锡+0.15克样品+0.3克纯铁+一勺钨粒 铁矿石:0.15克锡+0.15克样品+0.3克纯铁+一勺钨粒 土壤:0.15克锡+0.1克样品+0.3克纯铁+一勺钨粒 一般钢样:0.5克样+一勺钨粒

一般铁样:0.3克样+一勺钨粒

高碳锰铁:0.1g样+0.3g纯铁+一勺钨粒

锰铁及锰合金:0.3克样+一勺钨粒

氮化锰:0.2克样+0.3克纯铁+一勺钨粒

锰矿:0.2克样+0.3克纯铁+一勺钨粒

硅铁:0.15克锡+0.1克样+0.3克纯铁+一勺钨粒 高炉渣:0.1克样+一勺钨粒

煤:0.15克锡+0.03克样+0.3克纯铁+一勺钨粒 硫精矿:0.15克锡+0.03克样+0.3克纯铁+一勺钨粒 白灰:0.15克锡+0.1克样+0.3克纯铁+一勺钨粒 高碳铬铁;0.1克样+一勺钨粒

还原钛:0.3克样+一勺钨粒

焦炭:0.15克锡+0.015克样+0.3克纯铁+一勺钨粒 助熔剂加入量说明:

1、纯铁:一般加入量在0.3~0.4克左右,当样品为非铁基(磁性)物品,或铁基(磁性)物质含量少的时候加入。

2、锡:一般加入量在0.1~0.15克左右,难熔或高熔点样品。

3、钨:一般加入量在1.5~2克左右每种分析都要加入。

注意事项:

1、粉末样品做样之前需在110℃烘2小时以上,确保样品干燥无水(水分对硫含量影响相当大)

2、制样确保样品无油(油对碳含量影响相当大)

3、样品称样量可以根据样品碳、硫含量适当调整,含量高及难熔样品称样量可以适当减少,称样量尽可能保持0.05克以上(煤、硫精矿等碳、硫含量特高样品除外)。

4、助熔剂加入量尽可能保持一致。

第四篇:DNA亲子鉴定分析及方案

前言:为什么要谈亲子鉴定可行方案呢,亲子鉴定近来很火,火也就是说明做亲子鉴定的人有很多。那么因此做亲子鉴定时会面临很多问题。为此,我们就来探讨一个全面、稳妥的亲子鉴定方案。

由上海亲仁亲子鉴定中心提供的数据表明,亲子鉴定中50%做的是个人亲子鉴定,也就是占一半左右,司法鉴定和胎儿鉴定分别占25%。该中心还透露了一条消息,胎儿鉴定每年都在逐渐上升。

那么为什么个人亲子鉴定占的比例有这么大呢?原因很显示,相对司法鉴定的复杂流程,做个人鉴定不需要提供任何身份信息,上海亲仁亲子鉴定负责人谈到这方面时说到:“做个人亲子鉴定的不需要提供任何身份信息,完全可以匿名做,只需要客户提供联系方式用来通知结果以及快递报告就行。而司法鉴定就得本人及鉴定人到我们中心来拍照由法医亲自取样。”

通过以上说明来分析,可知个人亲子鉴定为何占有这么大的比例。下面我们具体来分析并制定亲子鉴定的解决方案。

亲子鉴定按照类型分类:

一、个人亲子鉴定:

优点:可以完全匿名,样本可以自行取样,样本可快递到鉴定中心。

缺点:鉴定报告没有任何法律效力,报告不可用于任何司法用途,结果只做自己了解。

说明:鉴定结果的准确性与司法报告完全相同。

二、司法亲子鉴定:

优点:鉴定报告可以用于报户口、打官司、移民公证等,受国内公、检、法、司四大司法部门认可采信。

缺点:需要本人到鉴定中心取样拍照,需要实名做。

说明:司法鉴定的报告由3-5名法医签名盖章,司法鉴定与个人鉴定不同的也就是这个盖有法医的章。但是结果是一样的。

三、胎儿亲子鉴定:

说明:胎儿亲子鉴定一般是怀孕2个半月到7个月做,超过这个时段就不好做了。最佳时间是2个半月--6个月。

具体方案制定分析:

一、鉴定结果用途:

A:自己了解一下情况的:一般是做个人亲子鉴定。

B:鉴定报告用于司法用途:如上户口、打官司、公证移民、财产分割等所有需要用于公检法司部门的,一定要做司法鉴定。

C:先看结果如果结果对不上需要打官司的:推荐做司法鉴定,也可先做个人鉴定后,如果结果不是自己的可以再做司法鉴定。

二、鉴定人年龄:

A:未出生的胎儿:胎儿鉴定时间是2个半月到7个月间,最佳时间是2个半月到6个月,胎儿鉴定是有一定的流产风险的,超出这个时间不建议做胎儿鉴定。

B:5岁以下、70岁以上:一般用血液样本。

亲仁亲子鉴定中心400-660-2922

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亲仁亲子鉴定分点:

上海亲子鉴定 http://

深圳亲子鉴定 http://

胎儿亲子鉴定 http://

厦门亲子鉴定 http://

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第五篇:混合运算教学设计(朱耀峰)

混合运算教学设计

灌南县教育局教研室 朱耀峰

教学内容:义务教育课程标准实验教科书苏教版四年级上册数学P30—31 教学目的: 1.让学生经历解决问题的过程,体会列综合算式解决两步计算的实际问题,掌握没有括号的混合算式的运算顺序,并能正确计算没有括号的混合运算两步式题;

2.让学生领悟并掌握混合运算两步式题计算过程的书写格式,养成良好的学习习惯;

3.让学生在学习过程中体会数学思考的严谨性与数学结论的确定性,培养对数学的积极情感。

教学重点:含两级运算的混合运算的运算顺序。教学难点:克服从左往右计算的思维定势。教学准备:课件,课堂作业本、演算本。教学过程:

一、基本训练,唤醒旧知

听算练习(简单的连加、连减、加减混合、连乘、连除、乘除混合,题目略),练习后引导小结以前学过的这几种类型两步计算式题的运算顺序。

二、结合实际,领悟新知

1.教学例1,结合情境图,引导学生读取图中的信息(书包每个12元、笔记本每本5元、水彩笔每盒18元、订书机每个12元),让根据图中信息提出一个数学问题,并解答;老师出示(1)小军买3本笔记本和1个书包,一共用去多少钱?关注点:先分步列式,再列成综合算式;数量关系;综合算式的读法;;书写格式;变式练习:如果小军买1个书包和2盒水彩笔,一共要花多少钱?兼顾加在前乘在后。引导概括乘、加两步混合运算的运算顺序。规范板书两道式题。

巩固练习:A.口算(题目略),B.P31/1①③、2①、6①⑥,先练习再选择展示、反馈交流。注意巡视寻找发现练习中出现的不同情况。

2.出示(2)小晴买2盒水彩笔,付出50元,就找回多少元?关注点:数量关系;直接列综合算式;运算顺序;书写格式;变式练习:如果只付40元,够不够?引导学生概括乘、减两步混合运算的运算顺序。

巩固练习:A.口算(题目略),B.P31/1②、2②③、6②③,先练习再选择展示、反馈交流。C.P31/3④⑤,引导与前几组题进行比较。兼顾同级运算与两级运算完善运算顺序。

三、对比练习,完善认知

完成P31/4,按组逐题出示,先说出正确的运算顺序,再计算,后比较提升,完善对两步计算式题运算顺序的认知。

四、联系实际,迁移应用

完成P31/5,重视读图交流图意,先提出问题再解决问题(列综合算式)

五、总结全课,提升认识

今天你学会了什么样的运算?(两步计算、混合运算、综合算式)板书:混合运算,这样的两步计算的运算顺序是怎样的?书写时就注意些什么?提示:以后我们还会学习一些更复杂的、更挑战性的混合运算,比如12+80÷10、60-(50-20)。

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